Cụ thể, phương tiện thủy (bao gồm cả tàu biển, thủy phi cơ, phương tiện thủy nước ngoài) phải làm thủ tục để được cấp phép vào, rời cảng, bến thủy. Trước khi vào/rời, người làm thủ tục phải thông báo cho bằng tin nhắn, điện thoại hoặc hình thức khác tới cảng vụ về phương tiện (số đăng ký) và thời gian dự kiến vào/rời.
Người làm thủ tục phải thông báo trước 2 giờ đối với phương tiện thủy chở hàng và trước 1 giờ đối với phương tiện chở khách, thủy phi cơ. Thuyền trưởng, người điều khiển phương tiện chỉ được đưa phương tiện vào, rời cảng, bến khi có sự đồng ý của cảng vụ.
Tiếp đó, phương tiện phải thực hiện thủ tục để được cấp phép vào/rời cảng, bến bằng một trong các hình thức: làm trực tiếp như hiện nay, điện tử hoặc hình thức khác theo quy định. Trường hợp làm thủ tục trực tiếp được thực hiện tại trụ sở cảng vụ đường thủy hoặc tại cảng, bến, trên phương tiện thủy (trường hợp phương tiện đến từ vùng dịch bệnh).
Thủ tục điện tử thực hiện qua cổng thông tin điện tử của Bộ Giao thông Vận tải (phương tiện thủy nội địa, tàu biển nội địa, thủy phi cơ), cổng điện tử cơ chế một cửa quốc gia (phương tiện thủy nội địa, tàu biển xuất nhập cảnh, phương tiện thủy nước ngoài), cổng điện tử cơ chế một cửa ASEAN. Thời gian tối đa giải quyết xong thủ tục là 30 phút, trừ tàu biển và phương tiện thủy nước ngoài.
Đại diện Cục Đường thủy nội địa Việt Nam cho biết, việc thông báo bằng tin nhắn điện thoại trước khi phương tiện thủy vào/rời cảng bến thủy được thí điểm triển khai tại các cảng vụ đường thủy khu vực trực thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam cách đây vài năm. Việc này giúp phương tiện, cảng bến và Cảng vụ đường thủy chủ động hơn trong quản lý phương tiện hoạt động tại cảng, bến thủy. Do đó, hình thức này, cùng với hình thức làm thủ tục cảng vụ trực tuyến được đưa vào quy định nhằm tạo thuận lợi hơn cho chủ phương tiện, thuyền viên trong việc giảm thời gian chờ đợi, đi lại làm thủ tục.
Đối với việc cấp phép điện tử, hiện đang trong thời gian xây dựng dữ liệu, hạ tầng, phần mềm điện tử nên chưa xác định thời gian cụ thể để triển khai chính thức cấp phép cho phương tiện thủy vào, rời cảng bến qua hình thức trực tuyến.
