Theo VAFI, thư tín dụng, trong đó ngân hàng đóng vai trò là ngân hàng phát hành/xác nhận L/C, về bản chất là cam kết/bảo lãnh thanh toán, như đối với thư tín dụng nhập khẩu. Trường hợp này, ngân hàng cung cấp dịch vụ bảo lãnh thanh toán và được luật pháp coi là hình thức cấp tín dụng. Các khoản phí liên quan trực tiếp đến việc phát hành, xác nhận thông báo L/C để bảo lãnh thanh toán cho khách là phí thu trên hoạt động cấp tín dụng và không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Theo ông Nguyễn Toàn Thắng, việc áp dụng thu thuế GTGT không đúng bản chất của L/C, đặt vấn đề truy thu thuế, phạt kê khai và tiền chậm nộp thuế GTGT đối với các khoản thu liên quan thư tín dụng phát sinh từ đầu năm 2011 đến nay sẽ gây tác động xáo trộn lớn ảnh hưởng xấu tới hoạt động của các ngân hàng thương mại nhất là trong bối cảnh phải tập trung hỗ trợ chống dịch COVID-19.
Thuế GTGT là thuế gián thu, trường hợp phải nộp bổ sung mức thuế này đối với L/C đã phát sinh thì ngân hàng phải thu lại từ khách. Trong lúc nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn trong kinh doanh, việc đồng loạt truy thu tiền thuế GTGT là không khả thi, ảnh hưởng tới hoạt động ngân hàng và các doanh nghiệp liên quan. Ngoài ra, việc yêu cầu “hồi tố” sẽ làm phát sinh một loạt chi phí xã hội do phải điều chỉnh hóa đơn, số liệu về kê khai, nộp thuế, khấu trừ thuế…
Để tạo điều kiện cho các TCTD và các doanh nghiệp trong hoạt động kinh doanh, đại diện VAFI kiến nghị: Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng cục Thuế hướng dẫn các cục thuế địa phương không áp dụng thuế GTGT đối với L/C và các khoản phí có liên quan đến quy trình cấp tín dụng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo đúng tinh thần của Luật các TCTD năm 2010, Luật thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Đại diện VAFI cho rằng: Bộ Tài chính, ngành thuế không yêu cầu “hồi tố”, bắt các TCTD rà soát, kê khai và nộp thuế GTGT đối với khoản thu từ L/C phát sinh từ năm 2011 đến nay. Phía Ngân hàng Nhà nước cần phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan làm rõ các quy định trong các văn bản quy phạm pháp luật để hiểu và áp dụng thuế GTGT đôi với L/C đúng bản chất, thống nhất, không gây khó khăn trong hoạt động của TCTD.