Mưa lớn đã trút xuống thủ đô Tokyo và các khu vực lân cận trong sáng 3/6. Khu vực Funabashi, tại tỉnh Chiba, vùng Kanto, ghi nhận lượng mưa khoảng 47,5mm, trong khi con số này tại quận Nerima, thủ đô Tokyo là 45mm. Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) đã cảnh báo về gia tăng nguy cơ lở đất, lũ lụt tại các con sông ở miền Đông nước này. JMA dự báo trong 24 giờ, quần đảo Izu, phía Nam thủ đô Tokyo, sẽ ghi nhận lượng mưa khoảng 120mm, vùng Kanto-Koshin và vùng Tokai sẽ lần lượt ghi nhận lượng mưa vào khoảng 100mm và 40mm.
Tại thành phố Toyohashi, cảnh sát đã tìm thấy một người đàn ông tử vong trong xe ô tô ngập nước. Trong khi đó, tại khu vực phía Tây thành phố Wakayama, nơi một số con sông vỡ bờ, cảnh sát và các nhân viên cứu hộ đang nỗ lực tìm kiếm 1 người đàn ông và 1 người phụ nữ mất tích sau khi bị nước cuốn trôi gần một con sông.
Công ty Điện lực Tokyo cho biết khoảng 4.000 hộ gia đình tại các khu vực gần thủ đô Tokyo đang chịu cảnh mất điện. Theo công ty đường sắt miền Trung Nhật Bản, toàn bộ dịch vụ tàu cao tốc Shinkansen giữa Tokyo và Nagoya, sẽ nối lại hoạt động vào trưa cùng ngày sau khi phải tạm dừng hoạt động do mưa lớn.
Trước đó, người phát ngôn của Chính phủ Nhật Bản Hirokazu Matsuno ngày 2/6 cảnh báo sẽ có mưa giông trên diện rộng trong 3 ngày tới. Mưa lớn đã khiến 1 người bị thương nghiêm trọng và 7 người bị thương nhẹ.
Nước sông dâng lên đã buộc một số chính quyền địa phương, như thành phố Toyohashi tại tỉnh Aichi phải ban bố cảnh báo lũ lụt nghiêm trọng nhất, hối thúc người dân lập tức sơ tán đến nơi an toàn. Ít nhất 2 triệu người đã nhận được cảnh báo sơ tán tại các tỉnh Gifu, Shizuoka, Aichi và Mie. Dự kiến bão Mawar sẽ suy yếu thành bão nhiệt đới sau khi di chuyển theo hướng Đông ra ngoài khơi đảo Honshu.
Các nhà khoa học nhận định biến đổi khí hậu đang làm tăng nguy cơ mưa lớn tại Nhật Bản và các nơi khác, do không khí ấm giữ nhiều nước hơn. Năm 2021, lở đất do mưa lớn tại thành phố nghỉ dưỡng Atami, miền Trung Nhật Bản đã làm 27 người thiệt mạng.