Phó Cục trưởng Cục Hàng không Dân dụng Costa Rica, Luis Miranda, cho biết chiếc Boeing 757-200 nói trên xuất phát từ sân bay quốc tế Juan Santamaría, cách thủ đô San José 15 km về phía Tây, trên lộ trình tới sân bay La Aurora ở Guatemala. Tuy nhiên, chỉ vài phút sau khi cất cánh, phi hành đoàn đã phát hiện sự cố trong hệ thống thủy lực của máy bay và xin phép quay trở lại. Trong quá trình hạ cánh, khi đáp xuống khu vực phía Nam sân bay Juan Santamaría, chiếc máy bay này đã trượt khỏi đường băng, xoay vòng và cuối cùng gãy đôi. Hai thành viên phi hành đoàn không bị thương nặng và sức khỏe ổn định.
Trong một số video đăng tải trên mạng xã hội, có thể thấy khói bốc lên từ phần lốp và chất lỏng màu xanh lam tràn ra thân máy bay. Giám đốc lực lượng cứu hộ của Costa Rica, Héctor Chaves, lý giải rằng chất lỏng màu xanh nói trên tràn ra từ hệ thống thủy lực, và nếu không có hệ thống này, máy bay sẽ mất khả năng sử dụng phanh và hệ thống thoát khí. Ông Chaves cho biết lực lượng cứu hộ đã phun bọt và kiểm tra kỹ các thùng chứa nhiên liệu để đảm bảo khu vực này còn nguyên vẹn không hư hại, đồng thời ngăn nhiên liệu không tràn ra. Nhà máy lọc dầu Costa Rica (Recope) sẽ tiến hành khai thác phần nhiên liệu còn lại trong cánh máy bay.
Trong khi đó, đơn vị điều hành sân bay Juan Santamaría cho biết sân bay này sẽ phải đóng cửa tới ít nhất là 6 giờ chiều cùng ngày (giờ địa phương) để xử lý sự cố, khiến ít nhất 32 chuyến bay thương mại cùng 6 nghìn hành khách từ Bắc, Trung và Nam Mỹ phải chuyển hướng.