Theo cáo trạng, trong thời gian giữ chức Tổng Biên tập Báo Thanh Niên, các bị cáo Nguyễn Công Khế và Nguyễn Quang Thông đã có hàng loạt sai phạm trong quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, cụ thể là quyền sử dụng khu đất số 151–155 Bến Vân Đồn, Thành phố Hồ Chí Minh.
Hai người đã tự ý ký hợp đồng hợp tác, góp vốn, vay vốn và thoái vốn với các doanh nghiệp tư nhân để thực hiện dự án thương mại trên khu đất được Nhà nước giao cho Báo Thanh Niên quản lý, sử dụng vào mục đích xây dựng trụ sở báo. Các hành vi này được thực hiện trước khi có ý kiến chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền, vi phạm nghiêm trọng quy định của Luật Đất đai, Luật Quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước và Nghị định về đại diện vốn Nhà nước đầu tư tại doanh nghiệp.
Kết quả định giá tài sản xác định, việc tự ý xác định giá trị khu đất 240,4 tỉ đồng để góp vốn gây thiệt hại 9,52 tỉ đồng. Việc từ bỏ quyền sở hữu 9.000 m2 sàn tại dự án 151–155 Bến Vân Đồn gây thiệt hại 205,7 tỉ đồng. Tổng giá trị tài sản Nhà nước bị thiệt hại là hơn 215 tỉ đồng.
Ngoài ra, 2 cựu Tổng biên tập Báo Thanh Niên không báo cáo, không xin chủ trương của Trung ương Đoàn, cơ quan chủ quản nguồn vốn, không lập phương án thoái vốn theo quy định, làm mất quyền quản lý của Nhà nước đối với tài sản, góp phần "biến" tài sản công thành tài sản tư nhân.
Hành vi của Nguyễn Công Khế và Nguyễn Quang Thông đã xâm phạm nghiêm trọng trật tự quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, gây thất thoát đặc biệt lớn, ảnh hưởng đến uy tín của cơ quan báo chí và tổ chức chủ quản.
