Theo đó, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết (sinh năm 1970, cựu Tổng Giám đốc Công ty Thành An) bị Tòa tuyên phạt 16 năm tù về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 221, khoản 3 - Bộ luật Hình sự. Tổng hợp với bản án trước đó phạt bị cáo Thuyết 30 tháng tù, hình phạt chung áp dụng đối với bị cáo Thuyết là 18 năm 6 tháng tù.
Về cùng tội danh "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng", 5 bị cáo khác gồm: Nguyễn Thị Hòa (sinh năm 1978, Giám sát kế toán thuế Công ty Thành An, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi) bị phạt 13 năm tù; Bùi Thị Mai Hương (sinh năm 1982, Kế toán trưởng Công ty Danh) 8 năm tù; Đỗ Thị Hoa (sinh năm 1974, cựu Kế toán trưởng Công ty Thành An, Trưởng Ban kiểm soát nội bộ Công ty Tràng Thi) 4 năm 6 tháng tù; Nguyễn Nhật Linh (sinh năm 1986, Phó Tổng Giám đốc Công ty Thành An) và Nguyễn Quý Khái (sinh năm 1983, Giám đốc Công ty Danh) cùng bị phạt 3 năm tù.
Nhóm các bị cáo còn lại bị đại diện Viện Kiểm sát đề nghị các mức phạt gồm: Phạt tiền từ 50 triệu đồng đến 200 triệu đồng; phạt từ 6 tháng tù nhưng cho hưởng án treo đến 4 năm 6 tháng tù về cùng tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước" theo quy định tại Điều 203 - Bộ luật Hình sự.
Bản án sơ thẩm đánh giá hành vi của các bị cáo là đặc biệt nghiêm trọng, xâm hại đến tính đúng đắn và nguyên tắc tài chính đúng đắn, khách quan, trung thực của doanh nghiệp. Các bị cáo nhận thức được hành vi của mình là trái pháp luật nhưng vẫn cố ý thực hiện hành vi phạm tội. Viện Kiểm sát truy tố các bị cáo là đúng người, đúng tội và đúng pháp luật.
Hội đồng xét xử xác định, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, hành vi của các bị cáo đều diễn ra trên phạm vi rộng, trong thời gian dài, thủ đoạn tinh vi, có sự cấu kết của nhiều doanh nghiệp, gây thiệt hại cho Nhà nước với số tiền đặc biệt lớn (743 tỷ đồng) nên cần phải xử lý phù hợp, nghiêm khắc với các bị cáo. Các bị cáo thực hiện hành vi phạm tội có tổ chức, có sự bàn bạc, phân công, phân nhiệm rõ ràng, trong đó bị cáo Thuyết giữ vai trò chủ mưu, cầm đầu.
Trong vụ án này, bị cáo Thuyết là người hưởng lợi nhiều nhất từ 3 công ty nên phải chịu trách nhiệm hình sự chính. Hiện, bị cáo bỏ trốn, gây khó khăn cho công tác điều tra, truy tố, xét xử. Bị cáo Hòa đã dùng 2 hệ thống sổ sách, thực hiện hành vi phạm tội, gây thiệt hại hơn 743 tỷ đồng thông qua việc mua bán hóa đơn khống. Bị cáo Hòa cũng bỏ trốn nhằm trốn tránh trách nhiệm nên cần có mức án nghiêm khắc.
Theo Hội đồng xét xử, mặc dù bị cáo Thuyết và Hòa vắng mặt tại tòa, nhưng căn cứ vào các tài liệu cho trong hồ sơ cùng lời khai của các bị cáo khác và những người liên quan, căn cứ vào thư nhận tội của bị cáo Thuyết, có đủ cơ sở khẳng định hành vi phạm tội của hai bị cáo Thuyết và Hòa.
Đối với 32 giám đốc đã có hành vi bán trái phép hóa đơn khống để thu lợi bất chính, Tòa cho rằng, hành vi của các bị cáo này đã phạm vào tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước". Trong số 32 bị cáo trên có một số bị cáo có hành vi phạm tội với tính chất đồng phạm giản đơn nên được Tòa xem xét giảm nhẹ hình phạt.
