Tại phiên tòa, bị cáo Hương Lan khai rằng việc tổ chức cấp phép chuyến bay đưa công dân về nước là công tác bảo hộ công dân, thuộc Phòng Bảo hộ công dân của Cục Lãnh sự. Về quy trình, hồ sơ cấp phép chuyến bay được gửi đến Cục Lãnh sự, bộ phận văn phòng sẽ đưa về Phòng Bảo hộ công dân. Phòng sẽ tập hợp các yêu cầu của doanh nghiệp lập thành danh sách tổng hợp. Trên cơ sở các tiêu chí lựa chọn doanh nghiệp do Tổ 5 Bộ đã thống nhất trước đó, Phòng Bảo hộ công dân sẽ lựa chọn doanh nghiệp đủ tiêu chí, đề xuất danh sách các doanh nghiệp rồi đưa lên cho Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự phụ trách.
Cụ thể, bị cáo Đỗ Hoàng Tùng (Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự) sẽ xem trước và điều chỉnh. Nếu hoàn chỉnh sẽ đưa lên cho bị cáo Lan để bị cáo báo cáo cựu Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Tô Anh Dũng. Tiêu chí lựa chọn doanh nghiệp cấp phép chuyến bay bao gồm yếu tố như: địa bàn đông công dân bị mắc kẹt được ưu tiên, các địa phương phải có văn bản tiếp nhận công dân, không dồn nhiều quá một thời điểm vào một địa phương, người đưa về phải là công dân Việt Nam có nhu cầu về nước đang kẹt ở nước ngoài, doanh nghiệp phải đảm bảo việc thực hiện trọn gói cho công dân.
Cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự Nguyễn Thị Hương Lan thừa nhận trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, bị cáo có gặp và nhận quà, tiền của một số doanh nghiệp. Bị cáo trình bày: ''Dù không nhớ rõ nhưng bị cáo cũng rất tin tưởng vào Cơ quan điều tra, tin tưởng vào nội dung cáo trạng. Bị cáo thừa nhận nội dung cáo trạng''.
Theo cáo trạng, từ năm 2016 đến tháng 7/2021, Nguyễn Thị Hương Lan là Phó Cục trưởng Cục Lãnh sự, đến tháng 7/2021 được bổ nhiệm làm Cục trưởng được giao quản lý, phụ trách chung toàn bộ công việc của Cục Lãnh sự, xét duyệt danh sách các doanh nghiệp thực hiện chuyến bay; trực tiếp báo cáo Tô Anh Dũng, Thứ trưởng duyệt, ký công văn gửi Tổ 4 Bộ/5 Bộ về việc đề xuất cho các doanh nghiệp tham gia tổ chức thực hiện các chuyến bay đưa công dân về nước.
Từ tháng 5/2020 đến tháng 1/2022, tám cá nhân là đại diện các doanh nghiệp đã đặt vấn đề nhờ và được bị cáo Hương Lan đồng ý tạo điều kiện giúp đỡ trong việc cấp phép chuyến bay nhanh chóng. Trong quá trình giải quyết cấp phép các chuyến bay, Nguyễn Thị Hương Lan đã nhiều lần nhận tiền của đại diện các doanh nghiệp.
Viện Kiểm sát xác định bị cáo Nguyễn Thị Hương Lan đã nhận hối lộ 33 lần, tổng cộng hơn 25 tỷ đồng. Tuy nhiên, trong giai đoạn điều tra, bị cáo Hương Lan không thừa nhận số tiền 25 tỷ đồng mà chỉ khai nhận 900 triệu đồng và một số quà cáp.
Tại phiên xử sáng 13/7, bị cáo Hương Lan thừa nhận toàn bộ số tiền như cáo trạng đã truy tố. Chủ tọa phiên tòa đã xác nhận với bị cáo Hương Lan các lần nhận tiền, doanh nghiệp đưa tiền… Theo đó, bị cáo Hương Lan xác nhận đã nhận hối lộ của 8 doanh nghiệp gồm các công ty: An Bình, ATA, Nhật Minh, MasterLife, Vitrato, Bluesky, Lữ Hành Việt, Thuận An.
Bị cáo Hương Lan thừa nhận như cáo trạng truy tố là đúng. Bị cáo đã 11 lần nhận tổng số 13,2 tỷ đồng từ bị cáo Hoàng Thị Mơ, nhận 4 lần của bị cáo Nguyễn Thị Tường Vy số tiền 2,2 tỷ đồng, nhận 2 lần với tổng số 20.000 USD của bị cáo Lê Văn Nghĩa, nhận 3 lần với tổng số 55.000 USD của bị cáo Trần Thị Mai Xa, nhận 8 lần với tổng số 5,9 tỷ đồng của bị cáo Nguyễn Thị Thanh Hằng…
Tổng cộng, quá trình cấp phép các chuyến bay, từ tháng 12/2020 đến tháng 1/2022, Nguyễn Thị Hương Lan đã nhận hối lộ 32 lần của 8 cá nhân đại diện doanh nghiệp, với tổng số 25 tỷ đồng. Ngày 17/4/2023, gia đình Nguyễn Thị Hương Lan đã nộp 900 triệu đồng cho Cơ quan điều tra để khắc phục hậu quả.
Cựu Cục trưởng Cục Lãnh sự Nguyễn Thị Hương Lan thừa nhận sai phạm và bày tỏ sự ăn năn khi việc nhận tiền này là nguyên nhân để các doanh nghiệp lợi dụng tăng giá chuyến bay, gây thiệt hại cho công dân, làm mất uy tín của Nhà nước. Bị cáo Hương Lan gửi lời xin lỗi tới Đảng, Nhà nước, cơ quan và công dân vì những sai phạm của bị cáo.