Theo cáo trạng, TPBank thành lập kho quỹ tập trung để lưu giữ các tài sản gồm vàng, tiền, giấy tờ có giá trị, ấn chỉ quan trọng… Riêng đối với vàng, ngân hàng này chia 3 trạng thái để quản lý gồm vàng giữ hộ, vàng giao dịch (mua bán) và vàng cầm cố. Sau khi nhận cầm cố, vàng được niêm phong theo quy định của ngân hàng và bảo quản trong kho tiền. Riêng loại này được kiểm kê định kỳ 2 lần hằng năm.
Năm 2017, Nguyễn Văn Linh là thủ quỹ và nhận thấy tình trạng trên khi vàng cầm cố trong kho được kiểm đếm chỉ 2 lần/năm, có thông báo trước. Do đó, Linh nảy sinh ý định chiếm đoạt vàng ở trong két vàng mua bán, giữ hộ rồi dùng thủ đoạn lấy vàng chỗ khác thế vào phần thiếu hụt, qua mặt việc kiểm kê.
Vào thời điểm này, Linh đang cần tiền chơi chứng khoán và đầu tư tiền điện tử nên đã nảy sinh ý định chiếm đoạt vàng.
Cụ thể, ngày 5/6/2017, sau khi hoàn tất việc kiểm kê vàng cuối ngày, lợi dụng sơ hở của ban quản lý kho, Linh lấy 246 lượng vàng SJC trong két chứa vàng mua bán, giữ hộ cho vào túi ni lông đen và để vào 1 thùng tôn. Sáng hôm sau trong quá trình mở kho tiếp quỹ đầu ngày cho các chi nhánh, Linh mang thùng tôn giấu 246 lượng vàng ra để ở kho đệm - là không gian phía ngoài kho tiền, việc ra vào không được giám sát.
Cuối giờ sáng, lợi dụng thời điểm các nhân viên kho quỹ đi tiếp quỹ ở cây ATM, Linh vào kho đệm lấy 246 lượng vàng SJC, đi bộ đến một ngân hàng để bán. Bán xong số vàng, Linh thu về hơn 8,8 tỷ đồng và gửi toàn bộ vào tài khoản chứng khoán của mình.
Sau đó, Linh dùng thủ đoạn lấy vàng ở kho này chuyển vào chỗ thiếu hụt ở kho kia để qua mặt mỗi khi bị kiểm tra. Đến khi không còn khả năng đền bù được số vàng đã chiếm đoạt, Linh tự giác đến Công an thành phố Hà Nội tự thú, khai nhận hành vi phạm tội và bị Cơ quan công an khởi tố về hành vi "Tham ô tài sản".