Công nhân của nhà máy luôn phải theo dõi qua hệ thống camera và quan sát trực tiếp bằng mắt thường để lấy nước đầu vào, tránh việc lấy nước lẫn dầu thải từ các tầu, thuyền neo đậu quanh khu vực.
Mặc dù UBND tỉnh Ninh Bình đã có văn bản chỉ đạo các cấp, các ngành hữu quan tăng cường kiểm tra, kiểm soát môi trường khu vực khu công nghiệp Khánh Phú và các dự án đầu tư xây dựng cảng, kinh doanh vận chuyển hàng hóa ngoài đê sông Đáy giáp ranh khu công nghiệp Khánh Phú. Tuy nhiên, đến nay việc các tầu neo đậu gần với khu vực Nhà máy cấp nước Thành Nam vẫn diễn ra, ảnh hưởng không nhỏ đến việc vận hành của nhà máy cũng như đời sống các hộ dân đang sử dụng nước sạch của nhà máy.
