Đáng lưu ý, có không ít doanh nghiệp ngang nhiên "cuỗm" thêm diện tích đất tại khu công nghiệp ngoài diện tích đã được cơ quan có thẩm quyền cho thuê đất; trong đó có doanh nghiệp lấn chiếm tới hơn ha đất. Ngoài ra, các sai phạm như tình trạng đào đắp san tạo mặt bằng, xây dựng công trình khi chưa hoàn thành đầy đủ các thủ tục để các cơ quan chức năng cấp phép cũng khá phổ biến.
Tại Kết luận Thanh tra số 47/KL-STNMT ngày 20/8/2018 của Sở Tài nguyên và Môi trường Yên Bái về việc thực hiện các quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng đất của Công ty TNHH Trường Minh tại Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái thì công ty còn có thiếu sót sau: "Ngoài số diện tích đất hơn 18.000 m2 đất đã được cấp có thẩm quyền cho thuê, công ty đã đưa vào sử dụng đối với diện tích đất khoảng 10.400 m2 chưa được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cho thuê đất".
Tương tự, Kết luận thanh tra số 40/KL-STNMT ngày 20 tháng 8 năm 2018 của Sở Tài nguyên và Môi trường Yên Bái thì Công ty cổ phần Khoáng sản công nghiệp Yên Bái đang sử dụng diện tích khoảng 46.500 m2 để thực hiện dự án mà chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho thuê đất theo quy định.
Cũng theo ông Tỉnh, ở Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái còn xảy ra tình trạng doanh nghiệp phớt lờ cả cơ quan quản lý nhà nước gây không ít khó khăn trong quản lý và gây bất bình trong dư luận. Bởi, trong thời gian hơn 1 tháng từ đầu tháng 5 đến đầu tháng 6/2018, lãnh đạo Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Yên Bái đã 3 lần ra văn bản về việc thông báo thời gian làm việc của đoàn thanh tra để Công ty cổ phần Việt Kim Yên Bái bố trí đại diện hợp pháp làm việc với đoàn và chuẩn bị báo cáo, cung cấp hồ sơ, tài liệu liên quan để làm việc với đoàn ngay tại Nhà máy chế biến kim loại, kim loại màu của công ty tại Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái nhưng công văn này đã bị lãnh đạo công ty phớt lờ, không bố trí người, thời gian làm việc, thậm chí cũng không có cả công văn phúc đáp.
Sau nhiều lần kiên trì gửi công văn đến ngày 11/6/2018 Công ty cổ phần Việt Kim Yên Bái có giấy giới thiệu và cử cán bộ là ông Tạ Trung Nghĩa - chức vụ Trưởng phòng dự án đến làm việc với đoàn Thanh tra nhưng lại không có văn bản ủy quyền và đoàn thanh tra đã yêu cầu ông Nghĩa báo cáo lại với giám đốc Công ty cổ phần Việt Kim về nội dung yêu cầu giám đốc hoặc cử người đại diện phải có đầy đủ giấy tờ cần thiết theo yêu cầu của pháp luật thì đoàn thanh tra mới đến làm việc được. Tuy nhiên, sau đó Giám đốc Công ty cổ phần Việt Kim đã tiếp tục không phối hợp để làm việc.
Đối với Công ty cổ phần Khoáng sản Yên Bái, Trung tâm Phát triển hạ tầng và dịch vụ Khu công nghiệp của Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái đã nhiều lần ra văn bản yêu cầu công ty này hoàn trả lại cốt đường trục A2 cho trung tâm, bởi trong quá trình xây dựng, đơn vị thi công đã đổ đất đá ra đường nên cốt mặt đường đã bị nâng cao so với thiết kế ban đầu nhưng công ty vẫn chậm trễ khắc phục hậu quả.
Ngoài ra, Công ty cổ phần Khoáng sản, bao bì và nhựa Vinavico ở Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái hiện chưa xây dựng công trình đấu nối hệ thống thoát nước mặt của nhà máy vào hệ thống rãnh dọc của đường, nước thải được xả tự do ra hành lang đường, trong nước thải có rất nhiều bột đá gây ách tắc lòng rãnh nước dọc đường trục A trong Khu công nghiệp.
Trung tâm Phát triển hạ tầng của Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái có công văn yêu cầu hoàn thiện việc xây dựng công trình đấu nối hệ thống thoát nước mặt và ngừng ngay việc xả nước tự do ra môi trường nhưng đơn vị này hiện cũng chưa chấp hành theo yêu cầu của trung tâm.
Trước những sai phạm của một số doanh nghiệp tại Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái, Trưởng Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái, ông Nguyễn Hữu Hiền lại lý giải: "Cổng chính khu A đi vào Khu công nghiệp rất rộng, các phương tiện đi ra vào tự do vì không có bảo vệ kiểm soát, trong khi đó trụ sở Ban Quản lý các Khu công nghiệp ở xa gần cả chục cây số thì làm sao chúng tôi biết được. Hơn nữa, Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái không có thanh tra nên không thể đến kiểm tra, xử lý được".
Tuy nhiên, ông Hiền cũng cho biết thêm về công tác quản lý hoạt động tại Khu công nghiệp phía Nam tỉnh Yên Bái còn gặp một số khó khăn là tổ chức bộ máy của Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái có quy mô nhỏ, số lượng cán bộ chuyên môn ít, trẻ, thiếu kinh nghiệm và phải kiêm nhiệm nhiều nhiệm vụ; Ban Quản lý thực hiện chức năng, nhiệm vụ trên các lĩnh vực về đầu tư xây dựng, quy hoạch, môi trường, lao động nhưng không có thẩm quyền xử phạt mà chỉ có trách nhiệm phát hiện, báo cáo với cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền để giải quyết, xử lý nên hiệu quả quản lý một số lĩnh vực chưa cao dẫn đến việc chậm trễ trong quá trình xử lý vi phạm.
Thời gian tới, Ban Quản lý các Khu công nghiệp tỉnh Yên Bái sẽ đẩy mạnh sự phối hợp với các cơ quan hữu quan và chính quyền các địa phương tại Khu công nghiệp Phía Nam tỉnh Yên Bái để đẩy mạnh kiểm tra, thanh tra xử lý các trường hợp vi phạm quy định về đầu tư xây dựng, bảo vệ môi trường... Đối với các trường hợp khi phát hiện vi phạm sẽ tiến hành lập biên bản và đề nghị cơ quan chức năng, chính quyền địa phương xử lý đảm bảo theo đúng quy định của pháp luật.
