Theo đó, cơ cấu tổ chức của Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam giảm từ 38 xuống còn 24 đơn vị gồm: 1- Ban Tổ chức - Cán bộ và Kiểm tra; 2- Ban Kế hoạch - Tài chính; 3- Ban Hợp tác quốc tế; 4- Ban Ứng dụng và Triển khai công nghệ; 5- Văn phòng; 6- Viện Toán học; 7- Viện Vật lý; 8- Viện Hoá học; 9- Viện Cơ học; 10- Viện Sinh học; 11- Viện Các Khoa học Trái đất; 12- Viện Hải dương học; 13- Viện Khoa học công nghệ Năng lượng và Môi trường; 14- Viện Khoa học vật liệu; 15- Viện Công nghệ thông tin; 16- Viện Khoa học sự sống; 17- Viện Công nghệ tiên tiến; 18- Trung tâm Vũ trụ Việt Nam; 19- Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển công nghệ cao; 20- Trung tâm Dữ liệu và Thông tin khoa học; 21- Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam; 22- Nhà xuất bản Khoa học tự nhiên và Công nghệ; 23- Học viện Khoa học và Công nghệ; 24- Trường Đại học Khoa học và Công nghệ Hà Nội.
Các đơn vị từ 1 đến 5 là các đơn vị chuyên môn giúp việc cho Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Văn phòng được tổ chức 08 phòng. Các đơn vị từ 6 đến 18 là các tổ chức khoa học và công nghệ công lập. Các đơn vị từ 19 đến 24 là các đơn vị sự nghiệp công lập khác.
Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc.
Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam có Chủ tịch và không quá 4 Phó Chủ tịch.
Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.
Các Phó Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm và miễn nhiệm theo đề nghị của Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
Nghị định số 38/2025/NĐ-CP nêu rõ Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Luật Tổ chức Chính phủ, quy định của Chính phủ về cơ quan thuộc Chính phủ và các nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể sau:
Về chiến lược, chương trình, quy hoạch, kế hoạch, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam có nhiệm vụ trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chiến lược phát triển, các chương trình, kế hoạch dài hạn, 05 năm và hằng năm, các dự án, đề án quan trọng của Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt; tham gia thẩm định trình độ công nghệ, xét duyệt luận chứng kinh tế - kỹ thuật các công trình trọng điểm, quan trọng của Nhà nước và của các địa phương theo sự phân công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; quyết định các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền của Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam theo quy định của pháp luật.
Về nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam có nhiệm vụ nghiên cứu cơ bản về các lĩnh vực khoa học tự nhiên, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo trong các lĩnh vực như: Toán học; vật lý; hóa học; sinh học; công nghệ sinh học; công nghệ thông tin; điện tử, tự động hóa; công nghệ vũ trụ; khoa học vật liệu; đa dạng sinh học và các chất có hoạt tính sinh học; khoa học trái đất; khoa học sự sống; khoa học và công nghệ biển; môi trường và năng lượng; dự báo, phòng, chống và giảm nhẹ thiên tai; nghiên cứu tổng hợp các nguồn tài nguyên thiên nhiên, điều kiện tự nhiên và môi trường; triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học, công nghệ; đề xuất và chủ trì thực hiện các nhiệm vụ khoa học và công nghệ trọng điểm cấp quốc gia theo phân công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền; tuyên truyền, phổ biến kiến thức, kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ đáp ứng yêu cầu phát triển thị trường khoa học, công nghệ…
Nghị định số 38/2025/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 1/3/2025.
Các tổ chức khoa học và công nghệ công lập, đơn vị sự nghiệp công lập khác thuộc diện sắp xếp, tổ chức lại, giải thể được tiếp tục hoạt động đến khi Chủ tịch Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam ban hành quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của đơn vị mới sau khi sắp xếp, tổ chức lại hoặc quyết định giải thể đơn vị theo quy định, thời hạn chậm nhất đến hết ngày 31/3/2025.
