Theo hồ sơ đề xuất trước đây, nhà đầu tư đề xuất điểm đầu dự án tại khu vực nút giao Hàm Nghi - Lê Lợi (chợ Bến Thành). Tuy nhiên, Sở Văn hóa và Thể thao TP. Hồ Chí Minh cho biết khu vực điểm đầu có nhiều công trình di tích như chợ Bến Thành, Trụ sở Hỏa xa, Bảo tàng Mỹ Thuật; đề nghị nhà đầu tư phải có giải pháp đảm bảo an toàn tuyệt đối cho các công trình di tích nêu trên.
Do đó, nhà đầu tư điều chỉnh hướng tuyến để đảm bảo không ảnh hưởng đến các di tích trên, với điểm đầu dự án chuyển vào trong Công viên 23 tháng 9. Tuyến chạy dọc khu vực công viên song song đường Lê Lai, rồi chuyển hướng tại Nguyễn Thái Học để đi theo trục Ký Con và vượt qua rạch Bến Nghé.
Sau khi qua rạch, tuyến đi về phía Đông Bắc vào đường Hoàng Diệu, sau đó đổi hướng theo trục Đông Nam tại khu vực Nguyễn Tất Thành - Đoàn Như Hài. Tuyến đi thẳng qua khu vực cảng Nhà Rồng đến gần cầu Tân Thuận 2, rồi nhập vào hướng Nguyễn Văn Linh, vượt qua nút giao Nguyễn Thị Thập để vào phường Tân Mỹ, trước khi kéo dài đến Cần Giờ.
UBND Thành phố kiến nghị Ban Thường vụ Đảng ủy UBND TP. Hồ Chí Minh báo cáo Thành ủy xem xét, chấp thuận cho UBND Thành phố tổ chức lập, thẩm định, phê duyệt chủ trương dự án theo phương án tuyến của nhà đầu tư đề xuất và cập nhật phương án tuyến công trình vào Đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TP. Hồ Chí Minh đến năm 2040, tầm nhìn đến năm 2060 được phê duyệt tại Quyết định số 1125/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ. Việc xác định hướng tuyến cụ thể sẽ được đánh giá thẩm định tại bước nghiên cứu khả thi, trước khi UBND Thành phố quyết định.
Metro Bến Thành – Cần Giờ có chiều dài gần 53 km, tổng mức đầu tư dự kiến hơn 85.650 tỷ đồng (tương đương 3,3 tỷ USD). Tuyến được xây dựng theo tiêu chuẩn đường đôi, khổ ray 1.435mm, tốc độ thiết kế tối đa 350 km/giờ. Giai đoạn 1, tuyến có hai ga chính là Bến Thành và Cần Giờ; khi nhu cầu tăng cao sẽ bổ sung bốn ga Tân Thuận, Tân Mỹ, Nhà Bè và Bình Khánh ở giai đoạn 2. Depot và trung tâm điều khiển sẽ đặt tại xã Cần Giờ.
Theo tiến độ thực hiện dự án, công trình này dự kiến sẽ khởi công cuối năm nay. Tuyến metro Bến Thành - Cần Giờ sẽ bước vào giai đoạn thi công và lắp đặt thiết bị đến quý III/2027. Việc vận hành chạy thử dự kiến từ quý IV/2027 và có thể đưa vào khai thác thương mại quý III/2028.
