Theo Bộ Công Thương, dựa vào quy định của pháp luật và quy định tại Nghị định số 24/2014/NĐ-CP ngày 4/4/2014 của Chính phủ quy định tổ chức các cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh, việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện chế độ, chính sách đối với Giám đốc sở và Phó giám đốc sở do Chủ tịch UBND cấp tỉnh quyết định.
Bộ Công Thương khẳng định, cũng như các Bộ, ngành khác, với vai trò là Bộ quản lý ngành, Bộ có trách nhiệm ban hành "Tiêu chuẩn chức danh Giám đốc, Phó giám đốc sở theo ngành, lĩnh vực quản lý". Tiêu chuẩn giám đốc Sở Công Thương đã được Bộ Công Thương ban hành và quy định tại Quyết định số 04/2008/QĐ-BCT ngày 3/3/2008 của Bộ trưởng Bộ Công Thương.
Cũng theo quy định, ngoài việc ban hành "Tiêu chuẩn, chức danh Giám đốc, Phó Giám đốc Sở", cũng như các Bộ quản lý ngành, lĩnh vực khác, trong quy trình bổ nhiệm Giám đốc Sở Công Thương, pháp luật không quy định Bộ Công Thương tham gia và có ý kiến với UBND tỉnh về việc bổ nhiệm Giám đốc Sở.
Vì vậy, trong quá trình bổ nhiệm Giám đốc Sở Công Thương tỉnh Hậu Giang đối với ông Huỳnh Thanh Phong, Bộ Công Thương không tham gia thẩm tra, có ý kiến với việc bổ nhiệm này.
Cũng theo Bộ Công Thương, Bộ chỉ có vai trò, trách nhiệm trong việc chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra về chuyên môn, nghiệp vụ đối với Sở Công thương. Ngoài ra, Bộ Công Thương không có thẩm quyền quản lý về tổ chức, bộ máy, biên chế của Sở Công thương.
Vì vậy, việc bổ nhiệm Giám đốc Sở thuộc thẩm quyền của Chủ tịch UBND cấp tỉnh. Bộ Nội vụ là cơ quan giúp Chính phủ quản lý nhà nước về công tác cán bộ, việc kiểm tra, thanh tra việc thực hiện quy định về chức danh, tiêu chuẩn cán bộ, công chức thuộc thẩm quyền của Bộ Nội vụ.
Trước đó, báo chí đăng tải thông tin nói rằng ông Huỳnh Thanh Phong chỉ mất 7 năm từ khi vào làm nhân viên ngân hàng đến khi được bổ nhiệm làm Giám đốc Sở Công Thương tỉnh Hậu Giang ở tuổi 33.
Cụ thể, từ tháng 11/2008 đến tháng 12/2010, ông Huỳnh Thanh Phong làm nhân viên Ngân hàng Đầu tư và Phát triển Việt Nam, rồi chuyển đổi công tác sang Ngân hàng Liên Việt. Đầu năm 2011, ông Phong vào làm tại Ban quản lý Các khu công nghiệp tỉnh Hậu Giang và đến tháng 5/2012, ông Phong giữ chức phó trưởng Phòng Quản lý lao động.
Giữa năm 2012, tỉnh Hậu Giang có chủ trương chuyển đổi Quỹ Phát triển đất tỉnh Hậu Giang thành Quỹ Đầu tư và phát triển Hậu Giang và ông Phong về làm việc ở đây. Chưa đầy 24 tháng công tác tại đây (từ tháng 6/2012 đến tháng 5/2014), ông Phong lần lượt giữ chức trưởng Phòng Tín dụng rồi được bổ nhiệm Phó giám đốc Quỹ Đầu tư và phát triển Hậu Giang vào tháng 5/2014.
Tháng 7/2015, sau hơn 4 năm ông Huỳnh Thanh Phong được Chủ tịch UBND tỉnh Hậu Giang bổ nhiệm giữ chức Giám đốc Sở Công Thương tỉnh Hậu Giang.
Tháng 10/2015, sau 3 tháng được bổ nhiệm giữ chức giám đốc Sở Công Thương, ông Phong trúng cử Ban Chấp hành Đảng bộ tỉnh Hậu Giang nhiệm kỳ 2015-2020 với 226/320 phiếu thuận (tỉ lệ 70,63%, xếp thứ 49/52 đại biểu trúng cử). Đến năm 2016, ông Phong trúng cử đại biểu Hội đồng nhân dân tỉnh Hậu Giang khóa IX, nhiệm kỳ 2016-2021.
