Trước khi chuyển hồ sơ sang Bộ Công an, Thanh tra Chính phủ đã phát hiện hàng loạt vi phạm tại gói thầu thi công dự án Bệnh viện Việt Đức cơ sở 2. Đây là dự án được Bộ Y tế phê duyệt và quyết định đầu tư (Ban Quản lý dự án y tế trọng điểm đại diện cho Bộ Y tế làm chủ đầu tư). Trải qua hơn một thập kỷ xây dựng, đến nay Bệnh viện Việt Đức chưa thể đi vào hoạt động chính thức; sai phạm của dự án đã gây thiệt hại và lãng phí hàng nghìn tỷ đồng.