Theo cáo trạng của Viện kiểm sát nhân dân tỉnh, trong các năm 2017 - 2019, để tăng thêm kinh phí cho hoạt động chi tiêu của trường, nguyên Hiệu trưởng Nguyễn Văn Hùng cùng Trưởng phòng Tài chính - Kế hoạch là Nguyễn Giang Quân (sinh năm 1969) và kế toán là Lê Đình Đặng (sinh năm 1989) đã bàn bạc, thống nhất báo cáo không đúng số học sinh học thực tế tại trường, không giảm trừ số học sinh Trung học Cơ sở học tiếp lên trình độ trung cấp đã bỏ học, có quyết định xóa tên mà vẫn kê khai danh sách để đề nghị quyết toán kinh phí chi thường xuyên theo định mức học sinh và kinh phí cấp bù miễn giảm học phí. Ngay sau đó, Trường Cao đẳng Công nghiệp Thanh Hóa đã được quyết toán kinh phí theo đề nghị của trường.
Hành vi phạm tội của các bị cáo đã gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước gần 6,62 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền trên được chi cho các hoạt động chung của Trường Cao đẳng Công nghiệp Thanh Hóa. Trong quá trình điều tra vụ án, các bị cáo và các đơn vị liên quan đã nộp lại toàn bộ số tiền này để khắc phục hậu quả.
Trong vụ án, nguyên Hiệu trưởng Nguyễn Văn Hùng được xác định đóng vai trò chính, rồi đến Nguyễn Giang Quân và Lê Đình Đặng. Tại phiên tòa, các bị cáo bày tỏ ăn ăn, hối hận và kính mong Hội đồng xét xử xem xét giảm nhẹ khung hình phạt.
Tại phiên tòa xét xử, căn cứ ý kiến của đại diện Viện Kiểm sát Nhân dân tỉnh, các tình tiết giảm nhẹ và các phần tranh tụng tại phiên tòa, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân tỉnh Thanh Hóa đã tuyên phạt Nguyễn Văn Hùng, nguyên Hiệu trưởng Trường Cao đẳng Công nghiệp Thanh Hóa 5 năm 6 tháng tù và tuyên phạt Nguyễn Giang Quân 5 năm tù, Lê Đình Đặng 3 năm tù giam.
