Theo thông tin ban đầu, thời điểm trên, tàu hỏa SE di chuyển theo hướng Văn Điển đi Thường Tín, khi đến khu vực ngã ba có rào chắn dân sinh thuộc Km15+700 (địa bàn xã Ngọc Hồi, thành phố Hà Nội) thì xảy ra va chạm với xe ô tô tải biển kiểm soát 29H-792.88.
Hậu quả, người lái xe ô tô tải tử vong tại chỗ, 1 người bộ hành bị đa chấn thương và đang được cấp cứu tại Bệnh viện Đa khoa Nông nghiệp. Ô tô bị tàu đẩy ngang xe đi khoảng 70m và hư hỏng nặng.
Ngay sau khi vụ việc xảy ra, Giám đốc Công an thành phố Hà Nội đã chỉ đạo Phòng Cảnh sát giao thông, Phòng Cảnh sát phòng cháy, chữa cháy và cứu nạn, cứu hộ khẩn trương phối hợp triển khai phân luồng, điều tiết giao thông, phục vụ công tác cứu nạn, cứu hộ; các đơn vị chức năng tổ chức bảo vệ hiện trường, khắc phục hậu quả, đồng thời tập trung điều tra, làm rõ nguyên nhân vụ tai nạn để xử lý theo đúng quy định của pháp luật.
Đến hơn 22 giờ cùng ngày, giao thông tại khu vực này đã được khôi phục, lực lượng chức năng đã kéo được xe ô tô ra khỏi đường sắt, tàu SE chạy về ga Thường Tín đổi máy để tiếp tục hành trình.
