Khai tại Tòa, nhóm bị cáo bị cáo buộc nhận hối lộ đã phủ nhận việc gợi ý, ép các doanh nghiệp phải đưa tiền hối lộ mới được cấp phép các chuyến bay, cấp phép thực hiện chủ trương cách ly tại địa phương.
Về quy trình cấp phép chuyến bay, bị cáo Phạm Trung Kiên (cựu Thư ký Thứ trưởng Bộ Y tế) nói, hồ sơ xin cấp phép gửi về Bộ Y tế sẽ chuyển cho Cục Y tế dự phòng tham mưu, sau đó đề xuất lên lãnh đạo Bộ Y tế thông qua Kiên làm đầu mối. Kiên chỉ tiếp nhận hồ sơ rồi chuyển lên lãnh đạo xét duyệt, sau đó chuyển lại cho các phòng chức năng, chứ không có nhiệm vụ "chấp nhận hay từ chối".
Theo cáo trạng, Phạm Trung Kiên bị buộc tội 253 lần nhận 42,6 tỷ đồng của các cá nhân, doanh nghiệp. Trong đó, Kiên nhận 13 tỷ đồng tiền mặt, còn lại là tiền chuyển qua tài khoản của bị cáo và mẹ vợ. Phạm Trung Kiên thừa nhận cáo buộc về số tiền nhưng phủ nhận lời khai của các doanh nghiệp cho rằng Kiên đe dọa, bắt đưa tiền mới thực hiện các thủ tục đề xuất, duyệt cấp phép các chuyến bay giải cứu. Kiên nói không yêu cầu doanh nghiệp nào đưa tiền mà đều do họ chủ động liên hệ nhờ giúp đỡ và gửi tiền cảm ơn.
Một số doanh nghiệp đã khai, Phạm Trung Kiên không đòi hỏi, việc chuyển tiền là tự nguyện. Nguyễn Thị Thanh Hằng (Phó Tổng Giám đốc Công ty Bluesky) đều khai mức tiền chuyển là do bị cáo tự chuyển, Kiên không yêu cầu cụ thể con số nào.
Bị cáo Nguyễn Thị Dung Hạnh (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn G19 Việt Nam) khai, bị cáo tự chủ động đưa tiền cảm ơn Kiên. Kiên nhận tiền và nhẹ nhàng nói “như thế này có lẽ không đủ, chị ạ” mà không đòi hỏi chuyển số tiền cụ thể là bao nhiêu. Sau đó, Hạnh tiếp tục chuyển thêm cho Kiên 200 triệu đồng với tâm thế cảm ơn, chia sẻ thành công của mình, các doanh nghiệp khác có quà, mình cũng nên có quà. Theo bị cáo Hạnh, việc cảm ơn này là giữ mối quan hệ để tiếp tục xin cấp phép các chuyến bay tiếp theo. Theo cáo buộc, bị cáo Hạnh đã đưa hối hộ 10 lần với tổng số 3,1 tỷ đồng.
Tuy nhiên, bị cáo Đào Minh Dương (Chủ tịch Công ty Vijasun) cáo buộc Phạm Trung Kiên đã có thái độ đe dọa, đòi tiền của doanh nghiệp. Dương khai "nhớ từng chi tiết" Kiên đã quát lớn Lê Hồng Sơn (Tổng Giám đốc Công ty Bluesky), yêu cầu phải đưa tiền 150 triệu đồng/chuyến bay.
Tương tự Phạm Trung Kiên, Trần Văn Dự (cựu Phó Cục trưởng Cục Quản lý xuất nhập cảnh, Bộ Công an), Ngô Quang Tuấn (cựu chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế, Bộ Giao thông vận tải)… cũng khai không tham gia thỏa thuận, không sách nhiễu, không đòi doanh nghiệp phải đưa tiền mới thực hiện thủ tục cấp phép các chuyến bay giải cứu. Trần Văn Dự còn khai, khi thấy có dư luận về việc cán bộ tại Cục Xuất nhập cảnh cầm tiền của doanh nghiệp, Dự đã yêu cầu cán bộ cấp dưới phải trả lại tiền và phải báo cáo về việc trả lại tiền.
Tại tòa, Phạm Trung Kiên khai, khi tìm hiểu thấy tội “Nhận hối lộ” có thể bị phạt tới mức án cao nhất là tử hình, bị cáo rất ám ảnh, chỉ muốn chết để thoát khỏi áp lực. Sau đó, Kiên đã phải nhập viện một thời gian để điều trị “dấu hiệu tâm thần”. Kiên thừa nhận hành vi nhận hối lộ hơn 42 tỷ đồng mong được Hội đồng xét xử xem xét cho bị cáo được hưởng khoan hồng của pháp luật.
