Trong văn bản gửi ban tổ chức SEA Games 31, Ủy ban Olympic Indonesia khẳng định trong số các môn bóng đá tại SEA Games 31, Indonesia sẽ chỉ tham dự môn bóng đá nam và futsal nam.
Môn bóng đá nữ và futsal nữ Indonesia không cử đội tham dự.
Như vậy, với quyết định trên của Ủy ban Olympic Indonesia, môn bóng đá nữ SEA Games 31 còn lại 7 đội gồm: Việt Nam, Philippnes, Campuchia (bảng A), Thái Lan, Myanmar, Lào và Singapore (bảng B). Các đội đá vòng bảng, chọn ra 2 đội dẫn đầu mỗi bảng đấu vào vòng loại trực tiếp.
Môn futsal nữ còn lại 4 đội gồm: Việt Nam, Thái Lan, Malaysia và Myanmar. Các đội đá vòng tròn 1 lượt để xếp hạng.
Do Indonesia không tham dự môn bóng đá nữ và futsal nữ nên Tiểu ban Chuyên môn kỹ thuật - ban tổ chức SEA Games 31 sẽ tiến hành điều chỉnh lại lịch thi đấu của 2 môn thi đấu này để ban hành trong thời gian tới.
