Quyết định cũng nêu rõ, Ban Quản lý Đường sắt đô thị TP Hồ Chí Minh, tư vấn lập dự toán phát sinh và tư vấn thẩm tra dự toán phát sinh hoàn toàn chịu trách nhiệm đối với sự chính xác về nội dung và các số liệu trong hồ sơ trình duyệt, đảm bảo đúng quy định.
Lãnh đạo UBND TP Hồ Chí Minh giao Ban Quản lý Đường sắt đô thị thành phố có trách nhiệm tiếp thu đầy đủ ý kiến của Hội đồng Thẩm định thiết kế kỹ thuật dự án metro số 1; khẩn trương xây dựng kế hoạch và triển khai các bước tiếp theo đảm bảo đúng quy định, không ảnh hưởng đến tiến độ dự án, tránh phát sinh khiếu kiện, khiếu nại. Ràng buộc điều khoản hợp đồng nội dung giá trị thanh toán chính thức cho nhà thầu sẽ căn cứ vào kết quả kiểm toán, quyết toán của cơ quan quản lý nhà nước. Trên cơ sở dự toán phát sinh được duyệt, thực hiện việc lập, thẩm định và phê duyệt dự toán gói thầu đảm bảo phù hợp quy định.
Dự toán phát sinh là cơ sở để quản lý chi phí trong quá trình thực hiện. Ban Quản lý Đường sắt đô thị căn cứ yêu cầu kỹ thuật của dự án, phạm vi công việc, tình hình thực hiện, đơn giá (tại thời điểm thực hiện), các chế độ chính sách, điều khoản đã được ký kết tại Hợp đồng, các phụ lục Hợp đồng Tư vấn chung, dự toán gói thầu và các nội dung, quy định khác để thực hiện việc lựa chọn nhà thầu, thương thảo, ký kết hợp đồng, nghiệm thu, thanh toán đảm bảo đúng quy định và tiết kiệm, tránh thất thoát lãng phí; không dùng dự án được duyệt để làm căn cứ trực tiếp thanh toán.
Năm 2007, Ban Quản lý đường sắt đô thị thành phố ký hợp đồng với Liên danh Tư vấn chung NJPT thực hiện tư vấn cho dự án metro số 1. Do gặp nhiều vướng mắc, dự án phải điều chỉnh thời gian hoàn thành đến cuối năm 2021, dẫn đến hợp đồng tư vấn chung phát sinh nhiều công việc, phải bổ sung thêm các phụ lục hợp đồng.
Hai bên đã ký 18 phụ lục hợp đồng và tiếp tục đàm phán thương thảo để ký tiếp Phụ lục số 19 từ năm 2017, gồm nhiều công việc chính như tư vấn; đào tạo lái tàu, nhân viên điều độ, trưởng ga; lắp đặt hệ thống công nghệ thông tin... Tuy nhiên, một số vấn đề khó khăn, vướng mắc trong quá trình đàm phán nên đến nay Phụ lục Hợp đồng số 19 vẫn chưa được ký kết. Việc phê duyệt dự toán phát sinh lần này là cơ sở hai bên đàm phán, ký kết Phụ lục Hợp đồng số 19.
