Theo biên bản được xác nhận trên chuyến bay, đại diện trường học ở Nhật Bản khẳng định, trước khi xảy ra vấn đề sức khỏe, cả đoàn đã ăn tối tại một khách sạn ở Thành phố Hồ Chí Minh. Theo Cục Hàng không dân dụng Việt Nam, hành khách có dấu hiệu bị ngộ độc thực phẩm sau bữa ăn tối tại khách sạn.
Về vụ việc này, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh kiểm tra làm rõ thông tin nêu trên, xử lý nghiêm vi phạm an toàn thực phẩm (nếu có), báo cáo Thủ tướng Chính phủ trong đầu tháng 11/2016.