Sau khi Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ trả lời, đại biểu Phạm Thị Minh Hiền đã giơ biển tranh luận. Trước khi tranh luận, đại biểu Hiền đã trích dẫn lời Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc trên một tờ báo, trong đó nêu rõ: Với những văn bản có sai sót, sửa đổi, Bộ trưởng chủ trì soạn thảo phải chịu trách nhiệm trước Thủ tướng.
"Ngoài là một đại biểu Quốc hội, tôi còn là một phụ huynh học sinh, làm công tác trẻ em, tôi cảm nhận rằng năng lượng tiêu cực của Bộ Giáo dục - Đào tạo đem lại rất lớn. Mới đây, Dự thảo Thông tư ban hành Quy chế học sinh sinh viên gây bức xúc trong dư luận xã hội nhưng Bộ trưởng vẫn chưa chịu trách nhiệm về mà lại đổ cho một cá nhân khác” - đại biểu Hiền thẳng thắn.
Đại biểu Hiền cũng cho rằng, chỉ khi nào Bộ trưởng nhận thấy trách nhiệm của người đứng đầu, nhận ra năng lực quản trị của bộ máy giúp việc, của bộ máy quản lý nhà nước về giáo dục có vấn đề, có hạn chế; thì mới có được giải pháp để lấy lại sự tôn nghiêm của quản lý giáo dục. Bộ trưởng phải nhìn thẳng vào sự thật, không tránh né, không tác động để có những giải pháp tích cực hơn.
Trả lời về vấn đề này, Bộ trưởng Nhạ cho rằng, Ban soạn thảo đã nhận thấy một số nội dung liên quan đến phụ lục quy định khung xử lý kỷ luật đối với một số hành vi vi phạm của học sinh, sinh viên, trong đó có hành vi vi phạm về hoạt động mại dâm; không còn phù hợp, cần phải điều chỉnh khi ban hành Quy chế mới.
Tuy nhiên, trong quá trình cập nhật các phiên bản dự thảo để đưa lên Cổng thông tin điện tử xin ý kiến rộng rãi của nhân dân, Ban soạn thảo đã sơ suất, chưa cập nhật dự thảo phù hợp nhất nên dẫn đến sự hiểu lầm, gây bức xúc trong dư luận xã hội. Bộ đã nhanh chóng xử lý và rút kinh nghiệm ngay.
Sau phần trả lời của Bộ trưởng Bộ GD-ĐT, Chủ tịch Quốc hội đã phê bình Bộ GD-ĐT về việc không sớm sửa đổi quy chế này, cũng như đưa ra lấy ý kiến rộng rãi dư luận trong khi còn nhiều vấn đề bất cập.
"Nội dung nào không hợp lý, phản cảm, gây bức xúc trong xã hội thì phải sửa ngay. Cần rút kinh nghiệm việc đưa văn bản chưa hoàn thiện đã đưa lên mạng, gây bức xúc" - Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân nhắc nhở.