Theo đó, phạm vi lập quy hoạch dự kiến được xác định trên cơ sở khu vực bảo vệ I của di tích theo Quyết định số 548/QĐ-TTg ngày 10/2/2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc xếp hạng di tích quốc gia đặc biệt, diện tích 5,433 ha, bao gồm 3 khu vực: Khu Nội tự, Vườn Giám và Hồ Văn.
Nội dung nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu là xác định yêu cầu nghiên cứu, khảo sát, đánh giá hiện trạng di tích, trong đó khảo sát, điều tra, sưu tầm tài liệu, tổng hợp các dữ liệu, số liệu về lịch sử, văn hóa của di tích; chụp ảnh, vẽ ghi, phân tích đánh giá kiến trúc của các công trình; khảo sát đo đạc địa hình tỷ lệ 1/500 phạm vi quy hoạch; khảo sát tình trạng kỹ thuật của các hạng mục công trình tại di tích; khảo sát các di sản văn hóa phi vật thể, di sản tư liệu gắn với di tích.
Bên cạnh đó, khảo sát hiện trạng và đánh giá hiệu quả công tác quản lý, bảo tồn và phát huy giá trị di tích; tình hình đầu tư các dự án bảo tồn, tu bổ các di tích trong giai đoạn trước đây, các dự án hỗ trợ phát huy giá trị di tích; khảo sát hiện trạng, đánh giá hiệu quả hoạt động du lịch và các hoạt động văn hóa khác tại di tích khác...
Định hướng bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích, bao gồm: Lập danh mục các đối tượng di tích cần bảo quản, tu bổ, phục hồi và mức độ bảo quản, tu bổ, phục hồi đối với từng hạng mục; xác định nguyên tắc và giải pháp cơ bản đối với việc bảo quản, tu bổ, phục hồi di tích; biện pháp quản lý và bảo vệ đối với di vật, cổ vật tại di tích.
Nội dung nhiệm vụ quy hoạch chủ yếu cũng cần đề xuất giải pháp phát huy các giá trị văn hóa phi vật thể và hệ thống bia Văn Miếu - Quốc Tử Giám; định hướng phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch bền vững, trong đó định hướng tổ chức sự kiện tại Văn Miếu - Quốc Tử Giám, tuyến du lịch kết nối di tích với các địa danh du lịch trọng điểm khác của Hà Nội; đề xuất giải pháp kiểm soát và điều tiết lượng khách du lịch để không ảnh hưởng tới việc bảo tồn di tích và các hoạt động kinh tế - xã hội của khu vực xung quanh di tích; nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu số liên quan đến di tích tạo cơ sở khoa học để bảo tồn, quản lý di tích và phát triển, quảng bá các sản phẩm du lịch bằng nhiều hình thức.
Về kế hoạch thực hiện quy hoạch, đề xuất thời kỳ quy hoạch, Danh mục các nhóm dự án thành phần, phân kỳ đầu tư, thứ tự ưu tiên và nguồn vốn đầu tư phù hợp với từng thời kỳ quy hoạch gồm: Nhóm dự án giải phóng mặt bằng và cắm mốc giới bảo vệ di tích; nhóm dự án bảo tồn, tu bổ, phục hồi, tôn tạo các hạng mục kiến trúc gốc của di tích; nhóm dự án xây dựng các công trình phụ trợ và các công trình hạ tầng kỹ thuật trong khu di tích; nhóm dự án nghiên cứu bảo tồn và phát huy giá trị di sản tư liệu và di sản văn hóa phi vật thể; nhóm dự án phát huy giá trị di tích gắn với phát triển du lịch bền vững.