Dự và chỉ đạo Đại hội có các đồng chí: Nguyễn Văn Bình, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Trung ương Đảng, Trưởng ban Kinh tế Trung ương; Sơn Minh Thắng, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Đảng ủy Khối các cơ quan Trung ương; đại diện một số cơ quan Trung ương.
Trong giai đoạn 2016 - 2020 Đảng bộ cơ quan Ban Kinh tế Trung ương đã chủ trì nghiên cứu, trình Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư 13 đề án lớn liên quan đến kinh tế - xã hội, trong đó nổi bật là 3 đề án về kinh tế trình Hội nghị Trung ương 5 khóa XII gồm: Ðề án Tổng kết 15 năm 2002-2017 thực hiện Nghị quyết Hội nghị lần thứ năm Ban Chấp hành Trung ương Ðảng khóa IX về tiếp tục đổi mới cơ chế, chính sách, khuyến khích và tạo điều kiện phát triển kinh tế tư nhân; Đề án Tổng kết 10 năm 2008 - 2017 thực hiện Nghị quyết Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa X về tiếp tục hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa; Đề án Tổng kết 15 năm 2001-2016 thực hiện Nghị quyết Hội nghị lần thứ 3 Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa IX về tiếp tục sắp xếp, đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu quả doanh nghiệp Nhà nước.
Căn cứ các nội dung do Ban Kinh tế Trung ương tham mưu, Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư đã xem xét, ban hành 9 Nghị quyết và 4 Kết luận của Bộ Chính trị để lãnh đạo phát triển kinh tế - xã hội đất nước trong thời điểm hiện tại và thời gian tiếp theo. Các chủ trương do Ban Kinh tế Trung ương tham mưu trong giai đoạn 2016 - 2020 không chỉ góp phần tháo gỡ khó khăn, vướng mắc hiện tại, định hướng, tạo tiền đề cho phát triển kinh tế nhanh, bền vững mà còn góp phần tăng cường vai trò, hiệu quả lãnh đạo của Đảng về kinh tế - xã hội, đóng góp tích cực cho xây dựng văn kiện Đại hội XIII của Đảng, Chiến lược phát triển kinh tế - xã hội 10 năm 2021 - 2030.
Bên cạnh việc nghiên cứu để tham mưu, đề xuất, cán bộ, đảng viên của Đảng bộ còn tham gia nghiên cứu, thẩm định, góp ý đối với 498 đề án, báo cáo, văn bản về kinh tế - xã hội theo yêu cầu của các cơ quan liên quan; tham gia công tác kiểm tra, giám sát việc thực hiện các chủ trương, chính sách của Đảng về kinh tế - xã hội để kịp thời nắm bắt thực tiễn, phát hiện và đề xuất biện pháp xử lý những khó khăn, vướng mắc trong quá trình lãnh đạo phát triển kinh tế - xã hội của Đảng...
Cùng với quá trình lãnh đạo xây dựng, chỉnh đốn Đảng cả về chính trị, tư tưởng, đạo đức, tổ chức, cán bộ; Đảng bộ cơ quan Ban Kinh tế Trung ương đã tập trung triển khai các giải pháp tăng cường đoàn kết; kiên quyết đấu tranh phòng, chống suy thoái, "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong nội bộ; củng cố niềm tin của cán bộ, đảng viên, người lao động đối với Đảng và sự lãnh đạo của cấp ủy các cấp; tạo sức mạnh tổng hợp để hoàn thành xuất sắc các mục tiêu, nhiệm vụ trong nhiệm kỳ.
Tại Đại hội các đại biểu đã thảo luận, đóng góp nhiều ý kiến cụ thể, sát thực vào nội dung dự thảo các văn kiện trình Đại hội lần thứ XIII của Đảng, Đại hội đại biểu Đảng bộ Khối các cơ quan Trung ương và Đại hội Đảng bộ cơ quan Ban Kinh tế Trung ương nhiệm kỳ 2020 - 2025.
Phát biểu chỉ đạo tại Đại hội, đồng chí Nguyễn Văn Bình đánh giá cao và biểu dương sự lãnh đạo, chỉ đạo của Đảng ủy cơ quan Ban Kinh tế Trung ương trong nhiệm kỳ vừa qua, góp phần cùng Ban Kinh tế Trung ương hoàn thành một khối lượng công việc rất lớn; chủ trì, tham mưu trình Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị ban hành 13 nghị quyết, kết luận, chiếm tỷ trọng lớn trong tổng số nghị quyết, kết luận của Đảng trong lĩnh vực kinh tế - xã hội được ban hành trong nhiệm kỳ Khóa XII.
Nhiều nghị quyết, kết luận do Ban tham mưu ban hành đóng vai trò nền tảng, then chốt cho sự phát triển dài hạn của đất nước như về hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa, về phát triển kinh tế tư nhân, về đổi mới và cơ cấu lại các doanh nghiệp Nhà nước, về chính sách đất đai, chiến lược phát triển năng lượng quốc gia, phát triển nông nghiệp, nông dân, nông thôn...
Bên cạnh các chủ trương, chính sách chung cho phát triển đất nước, Ban Kinh tế Trung ương đã hoàn thành nghiên cứu, tham mưu trình Bộ Chính trị ban hành một số nghị quyết, kết luận về xây dựng và phát triển đối với một số địa phương như: Hải Phòng, Đà Nẵng, Buôn Ma Thuột; đã phối hợp nghiên cứu, thẩm định ban hành các chủ trương, cơ chế đặc thù cho thành phố Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh; đang tích cực triển khai nghiên cứu, trình Bộ Chính trị trong năm 2020 các đề án phát triển của Cần Thơ, Thanh Hóa.
Các nghị quyết, kết luận của Đảng do Ban Kinh tế Trung ương chủ trì, tham mưu trong nhiệm kỳ Khóa XII không những kế thừa và phát triển các quan điểm, chủ trương xuyên suốt của Đảng về kinh tế - xã hội mà còn tạo ra bước đột phá, đổi mới sâu sắc, toàn diện trong tiến trình hoàn thiện thể chế kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa phù hợp với yêu cầu phát triển của đất nước trong thời kỳ mới, được dư luận trong nước và quốc tế đồng tình, đánh giá cao. Bên cạnh đó, trong nhiệm kỳ 2015-2020, Ban Kinh tế Trung ương đã hoàn thành tốt việc thẩm định, tham gia ý kiến đối với hàng trăm đề án, báo cáo trình Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư.
Ban cũng đã làm tốt công tác thẩm định, tham gia ý kiến đối với hàng trăm đề án, báo cáo trình Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị, Ban Bí thư; có nhiều đổi mới trong công tác tuyên truyền và phổ biến nghị quyết với các diễn đàn, hội thảo, xuất bản sách giới thiệu; làm tốt công tác hợp tác quốc tế, nghiên cứu khoa học, tổ chức tốt các sự kiện lớn mang tầm quốc tế. Các kết quả đạt được của Ban Kinh tế trong nhiệm kỳ vừa qua trong đó có đóng góp tích cực của Đảng bộ cơ quan đã góp phần khẳng định vai trò, vị trí của Ban mà còn khẳng định sự đúng đắn đối với chủ trương tái lập Ban Kinh tế Trung ương.
Trong nhiệm kỳ tới, đồng chí Nguyễn Văn Bình đề nghị, Đảng bộ Cơ quan Ban Kinh tế Trung ương cần phát huy những kết quả đã đạt được, tiếp tục đổi mới và nâng cao chất lượng công tác xây dựng Đảng về chính trị, tư tưởng, đạo đức; làm tốt công tác xây dựng Đảng; tập trung hoàn thành các đề án lớn theo kế hoạch nhiệm vụ trọng tâm, tăng cường công tác hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện các nghị quyết đã ban hành; xây dựng kế hoạch tổng thể để triển khai thực hiện Nghị quyết Đại hội XIII của Đảng.
Đồng chí Nguyễn Văn Bình yêu cầu, Đảng bộ Cơ quan Ban Kinh tế Trung ương cần nghiên cứu, đề xuất những cách làm hay, sáng tạo việc học tập và triển khai thực hiện các nghị quyết, kết luận, chỉ thị của Đảng phù hợp với đặc thù của cơ quan; gắn các phong trào thi đua, các hoạt động của đoàn thể với các hoạt động nâng cao chính trị, tư tưởng, đạo đức cho đảng viên...