Theo quy định, Thanh tra Cơ yếu là cơ quan của Ban Cơ yếu Chính phủ, giúp Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ thực hiện quản lý nhà nước về công tác thanh tra, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực; thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý của Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ; thực hiện nhiệm vụ thanh tra trong các lĩnh vực Ban Cơ yếu Chính phủ giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quản lý nhà nước về cơ yếu, mật mã dân sự, chữ ký số chuyên dùng công vụ; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên (Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế) là cơ quan thanh tra của đơn vị thuộc bộ được thành lập theo quy định của điều ước quốc tế; thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, pháp luật có liên quan đến điều ước quốc tế; thực hiện nhiệm vụ tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế chịu sự chỉ đạo, điều hành của Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quản lý trực tiếp và chịu sự chỉ đạo về công tác thanh tra, hướng dẫn nghiệp vụ của Thanh tra Chính phủ.
Nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế
Nghị định quy định trong lĩnh vực thanh tra, Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế có nhiệm vụ, quyền hạn sau:
Xây dựng dự thảo kế hoạch thanh tra trình Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quản lý trực tiếp cho ý kiến về chủ trương; ban hành và tổ chức thực hiện kế hoạch thanh tra;
Thanh tra Cơ yếu thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật, nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan, tổ chức, cá nhân thuộc quyền quản lý của Trưởng ban Ban Cơ yếu Chính phủ; thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật của cơ quan, tổ chức, cá nhân trong các lĩnh vực Ban Cơ yếu Chính phủ giúp Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quản lý nhà nước về cơ yếu, mật mã dân sự, chữ ký số chuyên dùng công vụ;
Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, pháp luật có liên quan đến điều ước quốc tế của cơ quan, tổ chức, cá nhân trong các lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp.
Thanh tra đối với vụ việc thuộc thẩm quyền khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc sự cố, sự kiện, dấu hiệu bất thường theo quy định của pháp luật chuyên ngành;
Thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định của pháp luật khác có liên quan;
Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị của mình, quyết định xử lý về thanh tra của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp;
Tổng hợp, báo cáo kết quả công tác thanh tra.
Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế còn thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn trong công tác tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, lãng phí, tiêu cực theo quy định của pháp luật.
Cơ cấu tổ chức
Thanh tra Cơ yếu có Chánh Thanh tra, Phó Chánh Thanh tra, thanh tra viên và người làm công tác cơ yếu. Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế có Chánh Thanh tra, Phó Chánh Thanh tra, thanh tra viên và công chức khác.
Chánh Thanh tra Cơ yếu do Bộ trưởng Bộ Quốc phòng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, điều động, luân chuyển, biệt phái theo quy định của pháp luật về cơ yếu, Luật Thanh tra và quy định khác có liên quan sau khi có ý kiến bằng văn bản của Tổng Thanh tra Chính phủ.
Chánh Thanh tra theo điều ước quốc tế do Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quản lý bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, điều động, luân chuyển, biệt phái theo quy định sau khi có ý kiến bằng văn bản của Tổng Thanh tra Chính phủ.
Tổ chức của Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế được thực hiện theo quy định của pháp luật về tổ chức Chính phủ và quy định khác có liên quan. Thanh tra Cơ yếu, Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế có con dấu và tài khoản riêng.
Theo Nghị định, các cơ quan Thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế gồm: Thanh tra An toàn bức xạ và hạt nhân; thanh tra Chứng khoán Nhà nước; thanh tra Hàng hải Việt Nam; thanh tra Hàng không Việt Nam.