Theo Uỷ ban châu Âu, tất cả các cây trồng BĐG này đều đã trải qua một quy trình cấp phép toàn diện và nghiêm ngặt, bao gồm cả đánh giá khoa học của Cơ quan An toàn Thực phẩm Châu Âu (European Food Safety Authority – EFSA).
Tuy nhiên các quyết định cho phép này không bao gồm việc canh tác. Điều này là do không đạt đủ số lượng tiêu chuẩn của các Quốc gia Thành viên cho cả việc ủng hộ hoặc chống lại tại Ủy ban Thường vụ (Standing Committee) và tại Ủy ban Phúc thẩm (Appeal Committee) sau đó.
Quyết định này của Ủy ban châu Âu được đưa ra sau trình tự cấp phép được công nhận và phù hợp với các góp ý dựa trên cơ sở khoa học mà Uỷ ban đã nhận được. Giấy phép được ban hành cho các sự kiện cây trồng BĐG để sử dụng làm thực phẩm và thức ăn chăn nuôi sẽ có hiệu lực trong 10 năm và tuân theo các quy tắc ghi nhãn và truy xuất nguồn gốc nghiêm ngặt của Liên minh Châu Âu.
Các quy định của EU đã nêu rõ rằng nếu cây trồng BĐG được sử dụng trong thực phẩm hoặc thức ăn chăn nuôi mà không cần trồng trọt thì chỉ cần đăng ký cho mục đích thực phẩm và thức ăn chăn nuôi là đủ. Nếu cây trồng BĐG được sử dụng trong thực phẩm hoặc thức ăn chăn nuôi và được trồng trọt ở EU thì các công ty cần áp dụng cả mục đích trồng trọt và thực phẩm / thức ăn chăn nuôi theo cùng một Quy định. Trong khi đó nếu cây trồng BĐG không được sử dụng trong thực phẩm hoặc thức ăn chăn nuôi thì việc xin cấp phép trồng trọt là đủ.
Trước đó, đã có gần 100 sự kiện cây trồng BĐG được cấp phép sử dụng làm thực phẩm và thức ăn chăn nuôi, chủ yếu tập trung trên hai cây trồng chính là ngô và đậu tương, ngoài ra còn có các cây trồng: bông, cải dầu,…. Châu Âu hiện đang là thị trường tiêu thụ các sản phẩm BĐG lớn trên thế giới, mỗi năm châu lục này nhập khẩu khoảng 30 triệu tấn đậu tương (trong đó 95% là thành phần BĐG), 20 triệu tấn ngô (với 25% là thành phần BĐG) và 5 triệu tấn dầu hạt cải (25% là thành phần BĐG) từ Argentina, Brazil và Hoa Kỳ để phục vụ nhu cầu thức ăn chăn nuôi.
