Sau khi thành lập, thành phố Phú Quốc có 9 đơn vị hành chính cấp xã, với hai phường Dương Đông, An Thới và 7 xã, gồm: Bãi Thơm, Cửa Cạn, Cửa Dương, Dương Tơ, Gành Dầu, Hàm Ninh, Thổ Châu. Phú Quốc tiến hành sắp xếp, ổn định bộ máy các cơ quan, tổ chức ở địa phương, ổn định đời sống của nhân dân, đảm bảo yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh trên địa bàn.
Lãnh đạo thành phố Phú Quốc cho biết, đối với các cơ quan, tổ chức, đơn vị trong hệ thống chính trị ở thành phố Phú Quốc hiện tại tiến hành rà soát, đánh giá, phân loại để bố trí, sử dụng những cán bộ, công chức đủ năng lực chuyên môn. Thành phố tiếp tục đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn cho những người chưa đáp ứng yêu cầu, nhiệm vụ và còn thiếu các tiêu chuẩn theo quy định, thực hiện tinh giản biên chế theo quy định của Đảng, Nhà nước; trình Hội đồng nhân dân thành phố ban hành nghị quyết thành lập các cơ quan chuyên môn thuộc UBND thành phố Phú Quốc theo quy định của pháp luật hiện hành.
Các phường, xã thuộc thành phố cơ bản giữ nguyên bộ máy và cán bộ, công chức hiện tại. Thành phố Phú Quốc tiến hành rà soát, đánh giá, phân loại để bố trí, sử dụng những cán bộ, công chức đủ năng lực chuyên môn, trong đó sắp xếp, bố trí lại một số chức danh tại hai phường Dương Đông và An Thới phù hợp với chức năng đơn vị hành chính thuộc khu vực nội thị, thực hiện tinh giản biên chế theo quy định.
UBND thành phố Phú Quốc bố trí, sắp xếp, điều động, tinh giản biên chế, giải quyết chế độ chính sách cho cán bộ, công chức, người hoạt động không chuyên trách cấp xã tại hai phường mới thành lập. Theo đó, thành phố bố trí vào các chức danh cán bộ, công chức cấp xã của đơn vị hành chính mới; điều động, bố trí vào vị trí cán bộ, công chức của các xã, phường khác trong thành phố và tiếp nhận vào các vị trí công chức hành chính, viên chức đơn vị sự nghiệp cấp huyện nếu đủ các điều kiên theo quy định. Phú Quốc giải quyết chế độ, chính sách đối với cán bộ không đủ tuổi tái cử, tái bổ nhiệm giữ các chức vụ, chức danh theo nhiệm kỳ trong cơ quan của Đảng, Nhà nước, tổ chức chính trị - xã hội, tinh giản biên chế…
Thành phố Phú Quốc chuẩn bị tốt các điều kiện đảm bảo giải quyết kịp thời các yêu cầu cấp đổi giấy tờ liên quan đến nhân thân, tài sản, hoạt động sản xuất kinh doanh… của cá nhân, hộ gia đình và các tổ chức, doanh nghiệp trên địa bàn.
Tỉnh Kiên Giang giao Sở Nội vụ phối hợp, hướng dẫn UBND thành phố Phú Quốc xây dựng kế hoạch sắp xếp tổ chức bộ máy, bố trí đội ngũ cán bộ, công chức, viên chức tại các cơ quan, tổ chức, đơn vị, địa phương đảm bảo lựa chọn được những người có phẩm chất, năng lực để đảm nhận những vị trí, công việc mới. Sở Nội vụ tổ chức đào tạo, bồi dưỡng, tập huấn cho cán bộ, công chức của thành phố, xã, phường phù hợp với chức năng quản lý của chính quyền đô thị, phù hợp vị trí việc làm, trình độ chuyên môn; hướng dẫn, kiểm tra, thẩm định việc phân loại đơn vị hành chính cấp huyện, xã mới thành lập thuộc thành phố Phú Quốc.
Bí thư Tỉnh ủy Kiên Giang Đỗ Thanh Bình chỉ đạo, thành phố Phú Quốc phối hợp với các sở, ban, ngành cấp tỉnh khẩn trương sắp xếp ổn định tổ chức, bộ máy của hệ thống chính trị theo đề án đã được phê duyệt đi vào hoạt động, vận hành thông suốt; quan tâm chỉ đạo ổn định đời sống của nhân dân địa phương, giải quyết kịp thời những khó khăn, vướng mắc của nhân dân, hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Thành phố tích cực phối hợp với các sở, ngành cấp tỉnh đề xuất với Trung ương về cơ chế, chính sách nhằm tạo điều kiện thuận lợi nhất cho Phú Quốc phát triển trở thành trung tâm du lịch, dịch vụ lớn của cả nước, khu vực Đông Nam Á và quốc tế. Đồng thời, thành phố tiếp tục rà soát, bổ sung, điều chỉnh quy hoạch, quy hoạch chung xây dựng Phú Quốc đi đôi với quản lý tốt quy hoạch; tăng cường hơn nữa quản lý nhà nước về đất đai, đầu tư, xây dựng, phát triển đô thị, bảo vệ rừng, bảo vệ môi trường...
