Theo Quyết định, Chủ tịch Hội đồng là Phó Thủ tướng Chính phủ Trần Hồng Hà. Phó Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Thành viên Hội đồng là đại diện lãnh đạo các bộ: Giáo dục và Đào tạo, Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Nội vụ, Xây dựng, Tài nguyên và Môi trường, Công Thương, Y tế, Tư pháp, Lao động - Thương binh và Xã hội, Văn hóa - Thể thao và Du lịch, Khoa học và Công nghệ.
Ngoài ra, thành viên Hội đồng còn có đại diện lãnh đạo Ủy ban Dân tộc và một số tỉnh, thành phố có nhiều cơ sở giáo dục đại học (Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội, Ủy ban nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh và Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng).
Thành viên Hội đồng cũng có đại diện lãnh đạo các cơ quan, tổ chức chính trị - xã hội: Hội Khuyến học Việt Nam, Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam, Liên hiệp các Hội Khoa học và Kỹ thuật Việt Nam.
Ủy viên phản biện là các chuyên gia về lĩnh vực quy hoạch, giáo dục đại học do Chủ tịch Hội đồng quyết định trên cơ sở đề xuất của Cơ quan thường trực của Hội đồng.
Cơ quan thường trực của Hội đồng là Bộ Giáo dục và Đào tạo. Cơ quan thường trực của Hội đồng có trách nhiệm và quyền hạn quy định tại Điều 34 Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 7/5/2019 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quy hoạch và khoản 16 Điều 1 Nghị định số 58/2023/NĐ-CP ngày 12/8/2023 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 37/2019/NĐ-CP ngày 7/5/2019 của Chính phủ.
Hội đồng có nhiệm vụ tổ chức thẩm định Quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học và sư phạm thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 theo quy định của pháp luật về quy hoạch.
Hội đồng hoạt động theo hình thức kiêm nhiệm, chấm dứt hoạt động và tự giải thể sau khi Quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học và sư phạm thời kỳ 2021 - 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
