Nghị định quy định cụ thể về chi phí trong lựa chọn nhà thầu. Trong đó, chi phí lập, thẩm định hồ sơ: Chi phí lập hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển được tính bằng 0,1% giá gói thầu nhưng tối thiểu là 2 triệu đồng và tối đa là 30 triệu đồng; chi phí thẩm định hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển được tính bằng 0,06% giá gói thầu nhưng tối thiểu là 2 triệu đồng và tối đa là 30 triệu đồng.
Chi phí lập hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu được tính bằng 0,2% giá gói thầu nhưng tối thiểu là 3 triệu đồng và tối đa là 60 triệu đồng; chi phí thẩm định hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu được tính bằng 0,1% giá gói thầu nhưng tối thiểu là 2 triệu đồng và tối đa là 60 triệu đồng. Chi phí thẩm định kết quả lựa chọn nhà thầu kể cả trường hợp không lựa chọn được nhà thầu được tính bằng 0,1% giá gói thầu nhưng tối thiểu là 3 triệu đồng và tối đa là 60 triệu đồng.
Đối với các gói thầu có nội dung tương tự thuộc cùng một dự án, dự toán mua sắm của cùng chủ đầu tư hoặc các gói thầu phải tổ chức lại việc lựa chọn nhà thầu thì các chi phí: Lập, thẩm định hồ sơ mời quan tâm, hồ sơ mời sơ tuyển; lập, thẩm định hồ sơ mời thầu, hồ sơ yêu cầu được tính tối đa bằng 50% mức chi phí quy định; trường hợp phải tổ chức đấu thầu lại một phần của gói thầu (đối với gói thầu chia phần) thì chi phí được tính tối đa bằng 50% mức chi phí theo giá trị ước tính của phần tổ chức đấu thầu lại. Trường hợp tổ chức lại việc lựa chọn nhà thầu thì phải tính toán, bổ sung chi phí lựa chọn nhà thầu vào dự án, dự toán mua sắm phù hợp với thực tế của gói thầu. Trường hợp đấu thầu quốc tế, chi phí dịch tài liệu được tính phù hợp với giá thị trường, bảo đảm hiệu quả của gói thầu.
Nghị định cũng quy định, chi phí cho Hội đồng tư vấn giải quyết kiến nghị của nhà thầu về kết quả lựa chọn nhà thầu được tính theo tỷ lệ phần trăm so với giá dự thầu của nhà thầu có kiến nghị: Giá dự thầu dưới 50 tỷ đồng, tỷ lệ 0,03% nhưng tối thiểu 5 triệu đồng; giá dự thầu từ 50 tỷ đồng đến dưới 100 tỷ đồng, tỷ lệ 0,025% nhưng tối thiểu là 15 triệu đồng; giá dự thầu từ 100 tỷ đồng đến dưới 200 tỷ đồng, tỷ lệ 0,02% nhưng tối thiểu là 25 triệu đồng; giá dự thầu từ 200 tỷ đồng trở lên, tỷ lệ 0,015% nhưng tối thiểu là 40 triệu đồng và tối đa là 60 triệu đồng.
Về hoàn trả chi phí giải quyết kiến nghị: Trường hợp kiến nghị của nhà thầu được kết luận là đúng, các tổ chức, cá nhân liên đới có trách nhiệm chi trả cho nhà thầu có kiến nghị số tiền bằng chi phí giải quyết kiến nghị mà nhà thầu đã nộp. Trường hợp kiến nghị của nhà thầu được kết luận là không đúng, nhà thầu không được hoàn trả chi phí giải quyết kiến nghị.
