Trong vụ án này, 36 bị cáo đều bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 224, khoản 3 - Bộ luật Hình sự năm 2015, bao gồm: Nguyễn Mạnh Hùng (sinh năm 1971) và Lê Quang Hào (sinh năm 1976) cùng là Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC, nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Hoàng Việt Hưng (sinh năm 1974, Giám đốc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Tiến Thành (sinh năm 1982, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án, nguyên Giám đốc gói thầu số 4, số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Đỗ Ngọc Ân (sinh năm 1973, Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án, nguyên Giám đốc gói thầu số 4,5,6,7, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Lê Nhiều (sinh năm 1975, Phó Giám đốc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi, nguyên Giám đốc gói thầu số 1,2,3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Hà Văn Bình (sinh năm 1976, nguyên Giám đốc gói thầu số 6,7 thuộc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Vũ Như Khuê (sinh năm 1955, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 1, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Cao Hừng Đông (sinh năm 1969) và Nguyễn Mạnh Cường (sinh năm 1982) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 1, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Quản Trọng Tuấn (sinh năm 1959, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Võ Quốc Thiều (sinh năm 1969) và Phan Ngọc Thơm (sinh năm 1966) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban Điều hành Liên danh gói thầu số 3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phan Khánh Toàn (sinh năm 1981, nguyên Giám đốc Ban Điều hành Liên danh gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Đỗ Tấn Nam (sinh năm 1976, nguyên Giám đốc Ban Điều hành của Công ty Tuấn Lộc thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Văn Cảnh (sinh năm 1985, nguyên Giám đốc Ban Điều hành của Công ty Thăng Long thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Vũ Dũng (sinh năm 1970) và Đào Văn Hoành (sinh năm 1961) đều nguyên là Giám đốc Ban Điều hành của Tổng Công ty Sông Đà thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phạm Đình Phú (sinh năm 1962, nguyên Giám đốc Ban Điều hành Liên danh gói thầu số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Lương Chung Dũng (sinh năm 1981, nguyên Chỉ huy trưởng phụ trách thi công của Công ty Thành Phát tại gói thầu số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Thành An (sinh năm 1973) và Nguyễn Hồng Phước (sinh năm 1982) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban Điều hành Liên danh gói thầu số 7, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Takao Inami (quốc tịch Nhật Bản, sinh năm 1949, Tư vấn trưởng, Giám đốc Văn phòng nhà thầu tư vấn giám sát Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); cùng các bị cáo cùng nguyên là kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi gồm: Hoàng Trung Hậu (sinh năm 1981), Nguyễn Tấn Chánh (sinh năm 1976), Lê Công Bằng (sinh năm 1977), Quách Văn Phúc (sinh năm 1986), Phan Doãn Giang (sinh năm 1982), Đào Trọng Hiếu (sinh năm 1984), Nguyễn Đức Dũng (sinh năm 1968), Nguyễn Bá Giang (sinh năm 1972), Lã Văn Hải (sinh năm 1978), Kiều Đức Công (sinh năm 1983), Nguyễn Trung Thu (sinh năm 1983), Phạm Lê Bắc (sinh năm 1980), Phạm Văn Bảo (sinh năm 1983).
Để chuẩn bị cho công tác xét xử tại phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) với tư cách là nguyên đơn dân sự. Tòa cũng triệu tập gần 50 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, bao gồm: nhóm các nhà thầu thi công; nhóm các ngân hàng phát hành bảo lãnh thực hiện hợp đồng và bảo lãnh tiền giữ lại; nhóm các cá nhân, pháp nhân thi công Gói thầu số 2 và số 6; nhóm các cá nhân, pháp nhân có liên quan đến tài sản kê biên, phong tỏa, ngăn chặn giao dịch và quản lý tiền bảo hành của công trình.
Ngoài ra, Hội đồng xét xử cũng triệu tập đại diện Bộ Giao thông Vận tải, đại diện Hội đồng Kiểm tra công tác nghiệm thu nhà nước, những người giám định, người phiên dịch, người làm chứng và một số cá nhân khác có liên quan tại VEC.
Tại phiên tòa, có hơn 60 luật sư đăng ký bào chữa cho 36 bị cáo, trong đó bị cáo Phan Ngọc Thơm có nhiều luật sư bào chữa nhất (5 luật sư). Ngoài ra, còn có 2 luật sư tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho đương sự.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tối cao, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi do VEC làm chủ đầu tư có tổng chiều dài toàn tuyến là hơn 139 km, từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Quảng Ngãi (tỉnh Quảng Ngãi). Giai đoạn 1 của dự án dài 65 km, từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Tam Kỳ (tỉnh Quảng Nam) gồm có 8 gói thầu xây lắp chính, trong đó có 7 gói thầu thi công đường và 1 gói thầu chủ yếu thi công cầu.
Mặc dù mới được đưa vào khai thác nhưng đoạn đường 65km đã có rất nhiều điểm hỏng biểu hiện trên mặt đường bê tông nhựa, ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc vận hành khai thác, an toàn khi tham gia giao thông.
Kết luận giám định cho thấy, chất lượng công trình xây dựng hoàn thành đối với tất cả 7 gói thầu (phần đường) thuộc giai đoạn I của dự án không đảm bảo chất lượng đúng như tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án, như chiều dày lớp bê tông nhựa VTO/Novachip không đảm bảo quy định, độ rỗng dư, hàm lượng nhựa, hệ số thấm không đạt yêu cầu quy định; lớp bê tông nhựa hạt mịn thiếu chiều dày bình quân, độ rộng dư giao động rất lớn; các lớp bê tông nhựa và đá dăm gia cổ nhựa có hiện tượng bong tróc cốt liệu...
Trong quá trình thi công, nghiệm thu thì các bên liên quan đã không thực hiện đo nghiệm thu cường độ mặt đường trên các lớp vật liệu hoàn thành, không đo hệ số thấm của lớp bê tông nhựa tạo nhám để đánh giá chất lượng công trình xây dựng sau khi thi công, dẫn đến không kiểm soát được chất lượng hạng mục công trình xây dựng nhưng đã ký nghiệm thu, đề nghị đưa công trình vào khai thác sử dụng.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao xác định, VEC, Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và các đơn vị liên quan không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng, dẫn đến cả 7 gói thầu đều sử dụng đá tại các mỏ này làm vật liệu sản xuất các lớp cấp phối đá dăm và bê tông nhựa các loại. Mặc dù các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo chất lượng nhưng chủ đầu tư và các đơn vị liên quan đã nghiệm thu, thanh toán hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.
Trong số các bị cáo, bị cáo Nguyễn Mạnh Hùng bị Viện Kiểm sát kết luận trong thời gian giữ chức vụ Phó Tổng giám đốc VEC phụ trách dự án, Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi (giai đoạn từ đầu năm 2015 đến ngày 25/4/2017) đã có những sai phạm: Không có hồ sơ chấp thuận vật liệu nguồn của Chủ đầu tư cho kết quả thí nghiệm mỏ đất tại 7 gói thầu. Tại một số gói thầu không có hồ sơ thi công thử; không có hồ sơ chấp thuận nguồn đá làm vật liệu cấp phối; đặc biệt có những phân đoạn, một số Nhà thầu thi công đã tiến hành thi công trước khi có kết quả chấp thuận cho thi công thử của Nhà thầu tư vấn giám sát. Tại một số phân đoạn của gói thầu (1,2,4,7) không thực hiện nghiệm thu chuyển giai đoạn sau khi thi công xong lớp đất K98; đối với các gói thầu (1,2,3B,4) cho chuyển sang công nghệ thi công Novachip khi VEC và các đơn vị liên quan chưa nghiên cứu, thử nghiệm hiệu quả của công nghệ này, không thông qua đơn vị Tư vấn thiết kế kỹ thuật, Bộ Giao thông Vận tải để điều chỉnh khung pháp lý áp dụng công nghệ khác đối với dự án đang triển khai, thậm chí chưa có Chỉ dẫn kỹ thuật hướng dẫn, quy định thực hiện thi công, nghiệm thu lớp vật liệu này nhưng vẫn chấp nhận nghiệm thu.
Đặc biệt, đối với các lớp có sử dụng vật liệu đá, ngày 18/5/2016, Bộ Giao thông Vận tải đã có văn bản gửi Chủ đầu tư dự án về chất lượng kém đối với nguồn vật liệu đá của các mỏ đá tại khu vực thành phố Đà Nẵng và tỉnh Quảng Nam, nhưng Nguyễn Mạnh Hùng không có biện pháp chỉ đạo cụ thể để các gói thầu của dự án đều sử dụng đá tại các mỏ này làm nguyên liệu cấp phối. Hành vi của Nguyễn Mạnh Hùng và đồng phạm gây thiệt hại và phải chịu trách nhiệm với số tiền hơn 422 tỷ đồng...