5 bị can bị đề nghị truy tố gồm: Nguyễn Chí Hiến, nguyên Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên nhiệm kỳ 2016-2021; Nguyễn Thị Nở, nguyên Phó Giám đốc phụ trách Sở Tài chính; Mai Hắc Lợi, Phó Giám đốc Sở Tư pháp; Ngô Quang Phú, Phó Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường; Nguyễn Ngọc Duy, Phó Cục trưởng Cục thuế. Các bị can trên bị đề nghị truy tố về tội “vi phạm quy định về quản lý sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Theo kết luận điều tra, tháng 5/2016, Hội đồng nhân dân tỉnh Phú Yên ký Quyết định số 15/QĐ-HĐND về việc phê duyệt chủ trương đầu tư Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa (giai đoạn 1) với diện tích 54,79 ha, tổng mức đầu tư 318,9 tỉ đồng từ nguồn vốn tiền sử dụng đất và vốn huy động.
Dự án đang triển khai, chưa hoàn thành, chưa đủ điều kiện bán đấu giá quyền sử dụng đất nhưng tỉnh Phú Yên đã thành lập Hội đồng đấu giá quyền sử dụng đất khu dân cư phía Bắc của dự án do ông Hiến làm chủ tịch Hội đồng. Đến tháng 10/2016, Ủy ban nhân dân tỉnh Phú Yên phê duyệt giá đất khởi điểm để đấu giá 468 lô đất thuộc Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa với tổng diện tích hơn 159.500 m2, với tổng giá trị khu đất này hơn 784 tỉ đồng. Riêng khu 262 lô nhà ở liền kề có giá khởi điểm 160 tỉ đồng.
Sau khi phê duyệt giá khởi điểm, tháng 11/2016, ông Hiến ký văn bản gửi thường trực Tỉnh ủy, thường trực HĐND tỉnh Phú Yên xin ý kiến thực hiện chính sách ưu đãi giảm 5% giá trị khu đất đối với nhà đầu tư trúng đấu giá quyền sử dụng đất Dự án hạ tầng kỹ thuật khu đô thị mới Nam thành phố Tuy Hòa. Tháng 3/2017, ông Hiến chủ trì cuộc họp, kết luận chia thành bốn khu đất để bán đấu giá và chỉ đạo bỏ nội dung năng lực tài chính của người tham gia đấu giá. Đồng thời, ông Hiến cũng chỉ đạo đưa 262 lô đất nhà ở liền kề ra bán đấu giá và nội dung hỗ trợ 5% trên tổng giá trị khu đất theo giá khởi điểm cho người trúng đấu giá vào phương án đấu giá của tỉnh.
Trong phiên đấu giá đất tháng 5/2017, bà Ngô Thị Điều đã mua toàn bộ 262 lô đất nói trên với giá trúng đấu 162,5 tỉ đồng. Tuy nhiên, do được giảm 5% số tiền trúng đấu giá (hơn 8 tỉ đồng), nên trên thực tế bà Điều chỉ phải đóng hơn 154 tỉ đồng, thấp hơn giá khởi điểm hơn 6 tỉ đồng.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên kết luận: Đây là vụ án Vi phạm quy định quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí đặc biệt nghiêm trọng. Bị can Nguyễn Chí Hiến, Phó Chủ tịch Thường trực, Chủ tịch Hội đồng đấu giá trực tiếp chỉ đạo; Nguyễn Thị Nở, Mai Hắc Lợi, Nguyễn Ngọc Duy, Ngô Quang Phú đã thống nhất cùng Nguyễn Chí Hiến điều chỉnh, bổ sung phương án đấu giá trọn gói, chia thành bốn khu để đấu giá từng khu, bỏ điều kiện hồ sơ năng lực tài chính cho cá nhân tham gia đấu giá, bổ sung chính sách hỗ trợ 5% trên tổng giá trị mỗi khu đất để đấu giá, ký quyết định công nhận kết quả đấu giá cho phép người trúng đấu giá nộp tiền vào ngân sách nhà nước thấp hơn số tiền trúng đấu giá và thấp hơn giá khởi điểm là trái pháp luật, gây thiệt hại tài sản nhà nước hơn 8 tỉ đồng.
Ngoài 5 bị can trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên cũng kiến nghị xử lý về mặt Đảng, hành chính đối với một số cán bộ có liên quan. Riêng bà Ngô Thị Điều (người trúng đấu giá), Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên đã quyết định tách vụ án để tiếp tục điều tra xử lý về hành vi trốn thuế theo quy định pháp luật.
Trước đó, ngày 28/9/2021, Cơ quan Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Phú Yên tống đạt quyết định khởi tố bị can, thi hành lệnh bắt tạm giam đối với Ngô Thị Điều, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty Cổ phần Phát triển đầu tư xây dựng và du lịch An Phú Thịnh về tội trốn thuế. Đến tháng 12/2021, Ngô Thị Điều được cho tại ngoại, cấm đi khỏi nơi cư trú.