Cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Yên nêu rõ, tháng 1/2021, Phạm Duy Anh mua xe ô tô biển kiểm soát 19A-347.79 để chạy dịch vụ. Phạm Duy Anh dùng số điện thoại 0969455191 đăng ảnh xe trên mạng xã hội để tìm kiếm khách hàng. Cuối tháng 4/2021, thông qua mạng xã hội, Anh quen với đối tượng tên Phúc (chưa xác định rõ danh tính, quê quán). Phúc nói cho Phạm Duy Anh biết việc đang tổ chức cho người Trung Quốc nhập cảnh trái phép vào Việt Nam để qua Campuchia làm việc.
Ngày 6/5/2021, Phạm Duy Anh nhận chở 3 người Trung Quốc là Li Chao, Kong De Meng và Li Jia Sheng vào Thành phố Hồ Chí Minh; trên đường đi khi đến khu vực đèo Nại (thị xã Sông Cầu, tỉnh Phú Yên) thì bị lực lượng chức năng kiểm tra, phát hiện.
Theo kết luận điều tra, từ ngày 2/5/2021 đến ngày 6/5/2021, Phạm Duy Anh biết người Trung Quốc nhập cảnh trái phép nhưng vì vụ lợi đã 2 lần điều khiển xe ô tô biển kiểm soát 19A-347.79 chở 11 người vào sâu trong nội địa Việt Nam; trong đó có 8 người từ Hà Nội đến Thành phố Hồ Chí Minh; 3 người từ Hà Nội đến tỉnh Thanh Hóa. Như vậy có đủ căn cứ để xác định Phạm Duy Anh phạm tội “Tổ chức cho người khác nhập cảnh trái phép” theo quy định tại Điều 348 Bộ luật Hình sự 2015.
Quá trình điều tra, Phạm Duy Anh thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải về hành vi phạm tội của mình. Tuy nhiên, đến nay bị can chỉ khai nhận một phần hành vi phạm và nộp lại hơn 17 triệu đồng tiền thu lợi bất chính.