Tòa án nhân dân tỉnh xử phạt bị cáo Nguyễn Vĩnh Linh 3 năm 6 tháng tù về tội "Tham ô tài sản" quy định tại điểm c, d khoản 2, Điều 353 và 3 năm 6 tháng tù về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" quy định tại khoản 3, Điều 221 Bộ luật Hình sự. Tổng mức hình phạt chung của bị cáo Linh là 7 năm tù.
Bị cáo Nguyễn Như Quỳnh bị xử phạt 2 năm tù về tội "Tham ô tài sản" quy định tại điểm c, d khoản 2, Điều 353 và 3 năm tù về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" quy định tại khoản 3, Điều 221 Bộ luật Hình sự. Tổng mức hình phạt chung của bị cáo Quỳnh là 5 năm tù.
Theo cáo trạng, từ năm 2016 đến tháng 10/2018, bị cáo Nguyễn Vĩnh Linh (nguyên Giám đốc) và bị cáo Nguyễn Như Quỳnh (nguyên Kế toán trưởng) Trung tâm Công nghệ thông tin tài nguyên môi trường được giao nhiệm vụ cập nhật nguồn cơ sở dữ liệu GIS chuyên ngành tài nguyên và môi trường. Các bị cáo đã lập, ký khống 5 hợp đồng cùng nhiều biên bản nghiệm thu thanh lý hợp đồng, chứng từ không đúng thực tế để rút tiền từ ngân sách gần 200 triệu đồng. Các bị cáo đã chiếm đoạt gần 54 triệu. Số tiền còn lại sử dụng chi cho một số cá nhân trong Trung tâm, chi ngoại giao và chi khác trái pháp luật gây thiệt hại hơn 146 triệu đồng.
Quá trình thu chi tiền từ thực hiện dịch vụ các công trình, Nguyễn Vinh Linh chỉ đạo Nguyễn Như Quỳnh làm thủ tục chi trả gồm chi phí nhân công chiếm khoảng 70% doanh thu. Tuy nhiên, khi giao cho các "tổ công tác" thực hiện nhiệm vụ, người lao động ký tên trên chứng từ nhận đủ 70% tiền nhân công nhưng thực tế chỉ nhận 30%. Số tiền chênh lệch còn lại tương đương khoảng 40% trong 3 năm là hơn 3,3 tỷ đồng để lại Trung tâm để chi vào nhiều mục đích khác nhau.
Trong đó, Linh chỉ đạo Quỳnh chuyển vào tài khoản của Nguyễn Vĩnh Linh hơn 329 triệu đồng, gọi là quỹ phát triển 10%; chuyển khoản và đưa tiền mặt cho các nhân viên của Trung tâm để trả nợ các khoản vay ngân hàng mà cá nhân Linh nhờ họ vay gần 78 triệu đồng; để ngoài doanh thu công trình đo đạc đất lâm nghiệp xã Thủy Phù (thị xã Hương Thủy) và công trình nhà xe Học viện Phật giáo Huế để chiếm đoạt 32 triệu đồng (Linh 18 triệu đồng và Quỳnh 14 triệu đồng). Ngoài ra, Linh còn chỉ đạo Quỳnh cùng một số cá nhân trong Trung tâm chi tiền "ngoại giao" gần 369 triệu đồng, chi "hoa hồng" cho chủ đầu tư là hơn 825 triệu đồng.
Tổng số tiền hai bị cáo đã có hành vi tham ô tài sản, chiếm đoạt là gần 493 triệu đồng; trong đó, Linh chiếm đoạt hơn 452 triệu đồng, Quỳnh chiếm đoạt gần 41 triệu đồng. Hành vi tham ô của hai bị cáo còn gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 146 triệu đồng cùng hơn 46 triệu đồng từ công trình đo đạc Thủy Phù và Học viện Phật giáo.