Theo Quyết định, mục tiêu chung của Đề án nhằm quản lý và bảo vệ tốt các hệ sinh thái biển, ven biển và hải đảo; tăng diện tích các khu bảo tồn biển, ven biển đạt khoảng 6% vào năm 2030 diện tích tự nhiên vùng biển Việt Nam, góp phần bảo tồn đa dạng sinh học, phục hồi và bảo tồn các hệ sinh thái biển quan trọng, bảo đảm tính toàn vẹn và mối quan hệ tự nhiên giữa các hệ sinh thái đất liền và biển; chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu và nước biển dâng; phát triển bền vững kinh tế biển gắn với đảm bảo quốc phòng, an ninh, giữ vững độc lập, chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ, hướng tới mục tiêu đưa Việt Nam trở thành quốc gia mạnh về biển, giàu từ biển.
Mục tiêu cụ thể đến năm 2030, mở rộng diện tích, thành lập mới và quản lý hiệu quả 27 khu bảo tồn biển để đảm bảo đến năm 2030 tổng diện tích biển được bảo tồn đạt khoảng 0,463% diện tích tự nhiên vùng biển Việt Nam; quản lý hiệu quả 59 khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản và 63 khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn ở vùng biển, đảm bảo tổng diện tích khu vực được khoanh vùng bảo vệ nguồn lợi thủy sản, bảo vệ khu vực tập trung sinh sản, khu vực thủy sản còn non tập trung sinh sống của các loài thủy sản đạt khoảng 2,303% diện tích tự nhiên vùng biển Việt Nam.
Cùng với đó, mở rộng diện tích, thành lập mới và quản lý hiệu quả các khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước, vùng đất ngập nước quan trọng ven biển để đảm bảo tổng diện tích các khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước, vùng đất ngập nước quan trọng ven biển đạt khoảng 1,5% diện tích tự nhiên vùng biển Việt Nam.
Để đạt được các mục tiêu đặt ra, Quyết định cũng nêu rõ các nhiệm vụ và giải pháp thực hiện. Theo đó, 6 nhóm nhiệm vụ: Điều chỉnh, mở rộng diện tích các khu bảo tồn biển, khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển đang hoạt động theo các quy hoạch đã được phê duyệt; thành lập mới và mở rộng mạng lưới các khu bảo tồn biển, khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển theo các quy hoạch đã được phê duyệt; xây dựng quy định và tổ chức quản lý các khu vực áp dụng biện pháp bảo tồn hiệu quả khác ở vùng biển Việt Nam; phục hồi các hệ sinh thái biển điển hình như hệ sinh thái san hô, có biển, rừng ngập mặn; tổ chức quản lý hiệu quả các khu bảo tồn biển, khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước ven biển, khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, khu vực cấm khai thác thuỷ sản có thời hạn, vùng đất ngập nước quan trọng ven biển, khu vực áp dụng biện pháp bảo tồn hiệu quả khác.
Cùng với đó, tích hợp cơ sở dữ liệu tổng thể về đa dạng sinh học biển, nguồn lợi thuỷ sản, môi trường, cơ chế chính sách, mô hình quản lý của các khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản, khu vực cấm khai thác thuỷ sản có thời hạn, khu vực áp dụng biện pháp bảo tồn hiệu quả khác và khu phục hồi các hệ sinh thái biển ở vùng biển Việt Nam vào cơ sở dữ liệu thành phần về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản; các khu Ramsar, khu bảo tồn đất ngập nước, vùng đất ngập nước quan trọng ven biển vào cơ sở dữ liệu biển, hải đảo Việt Nam.
4 nhóm giải pháp thực hiện gồm giải pháp về: Cơ chế, chính sách và thực thi pháp luật; tuyên truyền, tập huấn và phát triển nguồn nhân lực; khoa học công nghệ và hợp tác quốc tế; nguồn lực tài chính.
Các nhiệm vụ, dự án ưu tiên gồm: Truyền thông nâng cao năng lực về bảo tồn, bảo vệ và phục hồi hệ sinh thái biển; điều tra xác định các khu vực có tiềm năng xác lập khu vực bảo tồn có hiệu quả khác ở vùng biển Việt Nam; phục hồi hệ sinh thái rạn san hô, có biển, rừng ngập mặn bị suy thoái; điều tra, đánh giá tổng thể hiệu quả bảo tồn, bảo vệ, phục hồi hệ sinh thái biển giai đoạn 2021 - 2030; xây dựng cơ chế chi trả dịch vụ hệ sinh thái tự nhiên tại các khu bảo tồn biển, khu bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản; đánh giá khả năng lưu trữ các-bon của các hệ sinh thái biển điển hình; ứng dụng hệ thống thông tin địa lý và công nghệ viễn thám trong quản lý hệ sinh thái biển; kiểm soát chất thải và các nguồn gây ô nhiễm môi trường tại các khu vực biển được bảo tồn, bảo vệ và phục hồi…
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được giao chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các cơ quan liên quan tổ chức thực hiện có hiệu quả Đề án.
Bộ Tài nguyên và Môi trường chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan hướng dẫn địa phương xây dựng và tổ chức quản lý khu bảo tồn vùng đất ngập nước ven biển, khu Ramsar, vùng đất ngập nước quan trọng ven biển theo quy định pháp luật và các quy hoạch đã được phê duyệt.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì báo cáo cơ quan có thẩm quyền xác định vốn đầu tư ngân sách nhà nước chi cho đầu tư phát triển theo ngành, lĩnh vực trong kế hoạch đầu tư công trung hạn và hằng năm để thực hiện các dự án theo quy định của Luật Đầu tư công.
Bộ Tài chính căn cứ khả năng cân đối của ngân sách trung ương, trên cơ sở đề xuất của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các bộ, ngành liên quan, trình cấp có thẩm quyền cân đối, bố trí kinh phí từ nguồn ngân sách trung ương và lồng ghép trong các Chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình, đề án khác phù hợp với khả năng cân đối ngân sách nhà nước hàng năm để thực hiện Đề án, nhiệm vụ, dự án ưu tiên theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn tổ chức thực hiện Đề án theo quy định pháp luật, phù hợp với điều kiện thực tế của địa phương và hướng dẫn của Bộ Nông nghiệp và Phát triên nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường và các bộ, ngành có liên quan.
