Lúc 10 giờ 5 phút ngày 30/9 (giờ Việt Nam), chuyến bay FZ1073 của Flydubai khởi hành từ Dubai đến Tel Aviv, lên độ cao hơn 10.000 mét.
Lúc 12 giờ 21 phút, dữ liệu của Flightradar24 cho thấy máy bay bắt đầu hạ độ cao đột ngột, sau đó tăng độ cao nhanh chóng rồi lại hạ độ cao đột ngột lần thứ hai.
Đến khoảng 12 giờ 33 phút, máy bay bay ở độ cao 4.572 mét.
Lúc 12 giờ 28 phút, máy bay bắt đầu phát mã hiệu khẩn cấp 7700 trên bộ phát đáp khi đang bay gần khu vực biên giới giữa Saudi Arabia và Jordan. Đây là mã được quốc tế thống nhất để báo hiệu tình trạng khẩn cấp nói chung.
Lúc 12 giờ 35 phút, mã hiệu trên bộ phát đáp chuyển sang 7500, báo hiệu hành vi can thiệp bất hợp pháp. Sau đó, máy bay chuyển hướng về phía Tây, bay vào không phận Jordan trong thời gian ngắn rồi quay trở lại Saudi Arabia.
Lúc 12 giờ 44 phút, kiểm soát viên không lưu tại Tabuk (Saudi Arabia) nhận được cuộc gọi từ FZ1073 yêu cầu hạ cánh khẩn cấp. Nhà chức trách Saudi Arabia cho biết thời điểm này là 8 giờ 44 theo giờ địa phương.
Khi máy bay tiếp cận sân bay ở Tabuk, mã hiệu trên bộ phát đáp chuyển trở lại 7700, cho thấy tình trạng khẩn cấp nói chung.
Lúc 13 giờ 45 phút, theo truyền thông địa phương, chuyến bay FZ1073 hạ cánh an toàn tại sân bay quốc tế Prince Sultan bin Abdulaziz ở Tabuk.
Flightradar24 nhận được tín hiệu theo dõi cuối cùng của máy bay lúc 13 giờ 58 phút tại sân bay ở Tabuk.
Flydubai cho biết chuyến bay gặp sự cố, được chuyển hướng đến Tabuk, rồi hạ cánh an toàn. Hãng này cho biết toàn bộ hành khách đều an toàn và đã được kiểm đếm.
Theo truyền thông Qatar, sự cố của chuyến bay FZ1073 liên quan vụ cơ phó đâm trọng thương cơ trưởng. Các hành khách đã nhanh chóng khống chế cơ phó và cấp cứu cho cơ trưởng. Phi công dự bị đã kịp thời kiểm soát máy bay và cho máy bay hạ cánh an toàn.
Sự cố kinh hoàng này xảy ra một ngày sau khi Thủ tướng Israel Benjamin Netanyahu cảnh báo về khả năng xảy ra các vụ tấn công trước thềm cuộc bầu cử tại Israel. Ngày 29/9, Thủ tướng Netanyahu cho biết, Israel có thông tin cho thấy kẻ thù có thể tìm cách tiến hành các vụ tấn công trước cuộc bầu cử ngày 27/10. Ông không nêu cụ thể bản chất mối đe dọa.
Tối cùng ngày, lãnh đạo phe đối lập Yair Lapid nhận được thông tin về tình hình an ninh từ ông Netanyahu. Sau cuộc gặp, ông Lapid cho rằng không có lý do gì để khiến công chúng hoảng loạn và nói các mối đe dọa an ninh cần được xử lý một cách chuyên nghiệp thay vì bị sử dụng trong thông điệp tranh cử.
Cuối ngày 30/9, Thủ tướng Netanyahu cho biết trong một video rằng cơ phó đã đâm cơ trưởng và dường như tìm cách làm máy bay rơi.
Chiều cùng ngày, hình ảnh do các hãng thông tấn quốc tế ghi lại cho thấy một chuyến bay cứu hộ của Flydubai chở hành khách trên chuyến FZ1073 đã đến sân bay Ben Gurion gần Tel Aviv lúc 22 giờ 34 phút (giờ Việt Nam).
Hiện cơ phó đã bị bắt giữ và đang bị chính quyền Saudi Arabia thẩm vấn.
Sự cố đã ảnh hưởng tuyến hàng không quan trọng của Israel do hãng hàng không FlyDubai hiện là một trong những nhà khai thác quốc tế lớn tại sân bay Ben Gurion, có khoảng 10 chuyến bay mỗi ngày giữa Dubai và Israel. Hãng duy trì các chuyến bay tới Israel trong 3 năm qua, kể cả trong nhiều giai đoạn xung đột khi một số hãng hàng không châu Âu và Bắc Mỹ tạm ngừng khai thác. Nhờ mạng lưới kết nối qua sân bay quốc tế Dubai, tuyến bay này cũng trở thành một trong những cửa ngõ quan trọng để hành khách Israel tiếp tục hành trình tới các điểm đến ở châu Á và châu Đại Dương, bên cạnh lượng khách tới Dubai với mục đích du lịch.
