Theo Quyết định, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Phó Chủ tịch là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Ủy viên Hội đồng gồm lãnh đạo các bộ, cơ quan: Quốc phòng; Công an; Tài chính; Công Thương; Xây dựng; Tài nguyên và Môi trường; Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Lao động - Thương binh và Xã hội; Giao thông vận tải; Giáo dục và Đào tạo; Nội vụ; Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Y tế; Tư pháp; Thông tin và Truyền thông; Khoa học và Công nghệ; Ngoại giao; Ủy ban Dân tộc; Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.
Hội đồng thẩm định có Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành giúp Hội đồng thực hiện các công việc thẩm định. Cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định là Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Hội đồng thẩm định Nhà nước có nhiệm vụ, quyền hạn: Tổ chức thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình, trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định đầu tư; yêu cầu cơ quan được giao chuẩn bị Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình cung cấp các tài liệu, thông tin có liên quan đến Chương trình để phục vụ công tác thẩm định; khi cần thiết, yêu cầu sửa đổi, bổ sung hồ sơ để đáp ứng các yêu cầu thẩm định; xem xét, quyết định kế hoạch thẩm định và các vấn đề khác có liên quan trong quá trình thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình;
Hội đồng thẩm định Nhà nước làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Phiên họp Hội đồng thẩm định Nhà nước được coi là hợp lệ khi có ít nhất 50% số thành viên tham dự (kể cả người được ủy quyền). Các ý kiến kết luận được thống nhất theo nguyên tắc đa số. Trường hợp tỷ lệ biểu quyết bằng nhau và đạt 50% số thành viên Hội đồng (bao gồm cả số có mặt tại phiên họp và số biểu quyết bằng văn bản gửi đến Hội đồng), vấn đề được thông qua theo ý kiến đã biểu quyết của Chủ tịch Hội đồng.
Cơ quan thường trực Hội đồng có trách nhiệm huy động bộ máy giúp Chủ tịch Hội đồng tổ chức công việc thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình và các hoạt động chung của Hội đồng; phối hợp với các cơ quan, Tổ chuyên gia thẩm định liên ngành để thực hiện các công việc thẩm định; tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình, gửi hồ sơ Chương trình đến các thành viên Hội đồng, lập và trình kế hoạch thẩm định Báo cáo nghiên cứu khả thi Chương trình; tổng hợp các ý kiến của thành viên Hội đồng, đề xuất, trình Chủ tịch Hội đồng xem xét, quyết định những vấn đề cần xử lý trong quá trình thẩm định…
