Kyrgyzstan và Tajikistan đã nhất trí ngừng bắn hoàn toàn từ 20h ngày 29/4 (giờ địa phương), chỉ vài giờ sau khi xảy ra các vụ giao tranh ác liệt giữa lực lượng hai bên tại khu vực biên giới tranh chấp. Tuy nhiên, ngày 1/5, Ủy ban An ninh Quốc gia Kyrgyzstan cho biết quân đội nước láng giềng đã "nã súng vào những ngôi nhà" tại quận Leilik thuộc khu vực Tây Nam Batken của nước này, giáp biên giới Tajikistan. Dân làng đã được sơ tán khỏi nhà trước khi xảy ra vụ bắn phá.
Trong một thông báo trước đó, Kyrgyzstan cũng cáo buộc Tajikistan phong tỏa một tuyến đường chiến lược kết nối một vùng lãnh thổ của nước này với phần còn lại đất nước.
Tuy nhiên, một nguồn tin trong Ủy ban An ninh Quốc gia Tajikistan đã bác bỏ tin về vụ pháo kích vào ngôi làng ở Kyrgyzstan. Nguồn tin nêu rõ: "Tajikistan không nổ súng vào các ngôi làng trên lãnh thổ quận Leilek tỉnh Batken (của Kyrgyzstan)". Các cuộc tuần tra đang được tiến hành trong khu vực này nhằm tránh vi phạm các thỏa thuận đã đạt được.
Trước đó, lực lượng an ninh của hai nước đã đấu súng qua biên giới, xuất phát từ tranh chấp giữa người dân liên quan một hồ chứa nước tại khu vực biên giới. Phía Kyrgyzstan cho biết đụng độ khiến 3 người thiệt mạng và hơn 80 người bị thương. Phía Tajikistan không thông báo con số thương vong. Tuy nhiên hãng thông tấn RIA Novosti (Nga) dẫn lời một quan chức thị trấn biên giới Isfara của Tajikistan cho biết ít nhất 3 người thiệt mạng và 34 người khác bị thương trong vụ xung đột này.
Kyrgyzstan và Tajikistan tồn tại tranh chấp biên giới nhiều thập kỷ qua và đôi khi xảy ra các vụ đấu súng dọc biên giới hai nước. Vụ đấu súng lần này là vụ việc nghiêm trọng nhất trong nhiều năm trở lại đây, trong đó phía Kyrgyzstan ngày 29/4 thông báo đã chiếm giữ một đồn biên phòng của Tajikistan.
