Theo thông tin ban đầu, năm học 2019 - 2020 và 2021 - 2022, Nguyễn Như Thành đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, chỉ đạo bộ phận kế toán, thủ quỹ lập hồ sơ, chứng từ rút tiền ngân sách Nhà nước hỗ trợ cho học sinh nhà trường theo quy định tại Nghị định số 116/2016/NĐ-CP của Chính phủ về chính sách hỗ trợ học sinh và trường phổ thông ở xã, thôn đặc biệt khó khăn; Nghị định số 86/2015/NĐ-CP và Nghị định 81/2021/NĐ-CP của Chính phủ về chính sách miễn, giảm học phí, hỗ trợ chi phí học tập...
Sau khi rút tiền ngân sách hỗ trợ về nhà trường, Nguyễn Như Thành đã không chi trả đầy đủ cho học sinh mà trực tiếp quản lý, lập khống chứng từ chi, báo cáo quyết toán hàng năm của nhà trường; qua đó, đã chiếm đoạt, sử dụng cá nhân tổng số tiền trên 2,016 tỷ đồng.
Hành vi của Nguyễn Như Thành đủ yếu tố cấu thành tội "Tham ô tài sản" được quy định tại khoản 4, Điều 353 Bộ luật Hình sự. Việc khởi tố, bắt giữ đối tượng đảm bảo đúng các quy định của pháp luật.
Vụ việc đang được Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an tỉnh Sơn La tiếp tục điều tra mở rộng.
