Thưởng an toàn, an ninh hàng hải được áp dụng mức 15% lương cấp bậc, chức vụ (không bao gồm các khoản phụ cấp) cho cán bộ, công chức trực tiếp làm công tác quản lý, giám sát, bảo đảm an toàn, an ninh hàng hải. Kinh phí bảo đảm chế độ chi đặc thù được bố trí từ nguồn thu phí cảng vụ hàng hải được để lại chi theo quy định của Bộ trưởng Bộ Tài chính tại các Cảng vụ Hàng hải.
Nguồn kinh phí giao tự chủ nếu có tiết kiệm, Cục Hàng hải Việt Nam được chi cho các nội dung theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước và các quy định của pháp luật có liên quan; trong đó, bổ sung thu nhập cho cán bộ, công chức tối đa không quá 1,0 lần so với mức tiền lương cấp bậc, chức vụ do Nhà nước quy định.