Theo kiến nghị của VARSI, khoản chi phí lãi vay trong các năm đầu khi dự án mới đưa vào vận hành rất cao do số dư tính lãi lớn, ngược lại doanh thu các năm đầu lại thấp và tăng dần vào các năm sau. Việc ghi nhận chi phí lãi vay như vậy không phù hợp với bản chất của dự án BOT và chuẩn mực tài chính quốc tế.
Đồng thời, VARSI cũng cho biết, Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua Đèo Cả đã hoàn thành và đưa vào sử dụng, nhưng vẫn gặp vướng mắc phát sinh từ việc không được hoàn thuế giá trị gia tăng. Với những vướng mắc trên, VARSI đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính sớm ban hành thông tư hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp để nhà đầu tư BOT được ghi nhận, phân bổ chi phí lãi vay các dự án BOT, tránh kéo dài gây thiệt hại cho doanh nghiệp; đồng thời giải quyết việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với những hóa đơn phát sinh cho doanh nghiệp BOT sau thời điểm đưa dự án vào khai thác.
Xét kiến nghị trên, Phó Thủ tướng Lê Minh Khái đã giao Bộ Tài chính theo chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền chủ trì, phối hợp với cơ quan liên quan khẩn trương xem xét kiến nghị của VARSI, đề xuất xử lý, tháo gỡ, hoàn thiện quy định pháp luật, có văn bản trả lời cho hiệp hội, doanh nghiệp được biết và báo cáo Thủ tướng Chính phủ kết quả xử lý trong tháng 8/2021.
