Nguyên nhân dẫn đến vướng mắc trên là do các đơn vị chưa thực hiện nghiêm qui định về nâng cao chất lượng dịch vụ khám chữa bệnh. Cụ thể là số người điều trị nội trú tăng nhanh trong khi cơ sở hạ tầng, nhân lực tăng chưa tương xứng; tỷ lệ chỉ định xét nghiệm, dịch vụ chẩn đoán hình ảnh cao; tỷ lệ chỉ định người bệnh điều trị nội trú cao...; cách tính, cách hiểu giữa cơ quan bảo hiểm xã hội (BHXH) và cơ sở khám chữa bệnh chưa thống nhất.
Đồng thời, nhiều yếu tố tác động làm tăng chi Quỹ BHYT như: Tính tiền lương vào giá làm tăng chi phí khám chữa bệnh BHYT; thông tuyến và quyền lợi tăng (tỷ lệ đồng chi trả giảm ở một số đối tượng) trong khi mức đóng BHYT chưa điều chỉnh (vẫn ở mức 4,5% lương từ năm 2009 đến nay)... Giải pháp giải quyết những vướng mắc nêu trên phải dựa trên nguyên tắc đảm bảo hài hòa quyền lợi của người bệnh theo qui định của pháp luật về BHYT. Bệnh viện có kinh phí để thực hiện các dịch vụ cho người bệnh và có khả năng cân đối Quỹ BHYT, đặc biệt là trong giai đoạn chưa được điều chỉnh mức đóng BHYT.
Cơ quan BHXH và cơ sở khám chữa bệnh cần thống nhất để giải quyết, thanh toán dứt điểm các khoản còn treo, chưa thống nhất quyết toán và thanh toán để bệnh viện cân đối tài chính thực hiện tự chủ. Các vướng mắc từ khi cơ sở khám chữa bệnh thực hiện giá có tiền lương đến thời điểm 30/9/2017 sau khi thống nhất sẽ được cơ quan bảo hiểm xã hội thanh toán... Theo báo cáo của Ban Thực hiện chính sách BHYT (Bảo hiểm xã hội Việt Nam), tổng chi khám chữa bệnh BHYT 9 tháng năm 2017 là trên 71.325 tỷ đồng; đã có 122,9 triệu lượt khám chữa bệnh, trong đó ngoại trú là 111,69 triệu lượt và nội trú là 11,22 triệu lượt.
Tình hình sử dụng quỹ năm 2017 cho thấy: 35 tỉnh vượt trên 100%, 13 tỉnh chi trên 90%, 8 tỉnh chi trên 80%. Cụ thể một số vướng mắc trong thực hiện khám chữa bệnh và thanh toán BHYT là: Gia tăng lượt khám bệnh, tách nhỏ các đợt điều trị; chỉ định vào nội trú bất thường, kéo dài ngày nằm viện, tính cả ngày giường khi bệnh nhân đã ra viện; mua sắm, sử dụng thuốc, vật tư y tế chưa hợp lý; chỉ định xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh quá mức cần thiết, thanh toán sai qui định.
