Những khoản tài trợ này bị cáo buộc diễn ra trong tình trạng thiếu minh bạch, với các hợp đồng không được công bố rộng rãi.
Cuộc điều tra do nhóm công tác thuộc Ủy ban Kiểm soát ngân sách của EP phụ trách, dưới sự dẫn dắt của nghị sĩ Hà Lan Dirk Gotink thuộc Nhóm Nhân dân châu Âu (PPE). Các cáo buộc cho rằng EC đã tài trợ cho các tổ chức phi chính phủ nhằm gây áp lực lên chính EP và các quốc gia thành viên, thậm chí hỗ trợ các chiến dịch phản đối thỏa thuận thương mại với Khối thị trường chung Nam Mỹ (Mercosur) và khuyến khích khởi kiện một số nước thành viên.
Ông Gotink cho biết nhóm điều tra sẽ xem xét khoảng 100 hợp đồng, trong đó một nửa là các tài liệu mà EC buộc phải rà soát sau các tiết lộ hồi tháng 1. Phần lớn hợp đồng có giá trị trung bình khoảng nửa triệu euro. Kết quả kiểm tra ban đầu cho thấy EC đã nhiều lần cấp kinh phí cho các tổ chức bên ngoài để vận động hành lang ngay trong các thể chế của EU.
Theo ông Gotink, hệ thống này đặt ra câu hỏi lớn về việc tách bạch quyền lực trong EU và khả năng gây dựng lại niềm tin của công chúng vào hoạt động của các thể chế châu Âu. Dù vậy, theo luật hiện hành, việc EC tự tiến hành các hoạt động vận động hành lang vẫn chưa được quy định rõ ràng.
Phần lớn các hợp đồng nói trên liên quan tới lĩnh vực môi trường và khí hậu, được thực hiện thông qua cơ quan điều hành Cinea – đơn vị chuyên quản lý các chương trình khí hậu của EU. Tuy nhiên, phạm vi điều tra còn mở rộng sang các lĩnh vực thương mại và di cư.
Cuộc điều tra cũng ghi nhận sự bất đồng về phạm vi cần làm rõ. Nhóm Xã hội – Dân chủ (S&D) và nhóm Tái thiết châu Âu muốn mở rộng kiểm tra sang toàn bộ hợp đồng mà EC đã ký với mọi bên thứ ba, bao gồm cả các doanh nghiệp, song đề xuất này bị PPE bác bỏ. Một số nghị sĩ cánh tả cáo buộc PPE dùng danh nghĩa "minh bạch" để nhắm vào các tổ chức xã hội dân sự.
Ngoài các tổ chức phi chính phủ, cuộc điều tra sẽ xem xét quan hệ tài chính giữa EC và các viện nghiên cứu cũng như công ty tư vấn. Theo ông Gotink, EC đôi khi tạo ra nhu cầu tranh luận bằng các báo cáo do chính mình đặt hàng, từ đó thúc đẩy các sáng kiến lập pháp mới.
