Trên cơ sở định hướng Chiến lược, Quy hoạch phát triển GTVT đường sắt và thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Văn bản số 1672/VPCP-KTN ngày 15/3/2016 của Văn phòng Chính phủ về việc rà soát, hoàn thiện báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam (dự án), từ năm 2017, Bộ GTVT đã tổ chức rà soát các nghiên cứu trước đây về dự án và tổ chức nghiên cứu cập nhật, bổ sung.
Quá trình triển khai, Bộ GTVT đã tổ chức nhiều hội nghị, hội thảo chuyên đề và các báo cáo (đầu kỳ, giữa kỳ, cuối kỳ) để xin ý kiến của các bộ, ngành liên quan, các chuyên gia; trực tiếp làm việc, có ý kiến chính thức bằng văn bản của 20/20 địa phương có dự án đi qua về việc góp ý hồ sơ nghiên cứu tiền khả thi dự án (đến ngày 5/1/2019, Bộ GTVT đã nhận được ý kiến của 9/10 bộ, ngành, cơ bản thống nhất với đề xuất hồ sơ của Bộ GTVT trình Thủ tướng Chính phủ).
Theo đó, căn cứ vào các quy định của pháp luật hiện hành về lập tổng mức đầu tư dự án, tư vấn trong nước (với sự hỗ trợ của tư vấn nước ngoài) đã đề xuất tổng mức đầu tư dự án là 58,7 tỉ USD. Ngày 14/2/2018, Bộ GTVT đã có Tờ trình số 1281/TTr-BGTVT trình Thủ tướng Chính phủ báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án.
Cụ thể, với tổng mức đầu tư lớn, dự án có 2 phương án phân kỳ đầu tư. Phương án phân kỳ theo chiều ngang: Đầu tư hoàn chỉnh và khai thác đồng bộ đường sắt tốc độ cao trên từng đoạn. Tốc độ thiết kế là 350 km/giờ. Giai đoạn 1 (dự kiến từ 2020 - 2032) đầu tư đoạn Hà Nội - Vinh và TP Hồ Chí Minh - Nha Trang, với tổng mức đầu tư dự kiến là 24,7 tỉ USD. Giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050) đầu tư đoạn Vinh - Nha Trang để nối thông toàn tuyến, với tổng mức đầu tư là 33,98 tỉ USD.
Phương án phân theo chiều kỳ dọc: Đầu tư hoàn chỉnh hạ tầng toàn tuyến theo tiêu chuẩn đường sắt tốc độ cao và phân kỳ đối với việc đầu tư thiết bị, phương tiện vận tải và phương thức khai thác. Giai đoạn 1 (dự kiến từ 2020 - 2032) đầu tư hạ tầng toàn bộ tuyến Hà Nội - TP Hồ Chí Minh đảm bảo tốc độ thiết kế 350 km/giờ, nhưng chưa điện khí hóa, mua sắm đoàn tàu diezel để khai thác riêng tàu khách trên toàn tuyến với vận tốc khai thác tối đa 150 km/giờ, với tổng mức đầu tư là 41,980 tỉ USD. Giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050) tiến hành điện khí hóa, nâng cấp hệ thống thông tin tín hiệu, mua sắm đoàn tàu tốc độ cao thay thế tầu diezel để khai thác trên toàn tuyến với tổng mức đầu tư là 17,11 tỉ USD.
Theo Bộ GTVT, qua phân tích về khả năng đáp ứng nhu cầu vận tải trên hành lang, khả năng huy động các nguồn lực đầu tư, hiệu quả đầu tư dự án, cũng như sự phù hợp với quy hoạch liên quan, báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án đề xuất phương án và tiến độ đầu tư dự án theo 2 giai đoạn: Giai đoạn 1 (dự kiến hoàn thành vào 2030 - 2032): Chuẩn bị đầu tư và tổ chức đầu tư xây dựng 2 đoạn (Hà Nội - Vinh và Nha Trang - TP Hồ Chí Minh). Giai đoạn 2 (dự kiến từ 2032 - 2050): Tiếp tục đầu tư xây dựng đoạn Vinh - Nha Trang, trong đó ưu tiên đoạn Vinh - Đà Nẵng để có thể khai thác vào năm 2040 và tiếp tục hoàn thành đoạn Đà Nẵng - Nha Trang vào năm 2050.
Kết quả nghiên cứu của Bộ GTVT cũng như ý kiến của Bộ Kế hoạch đầu tư liên quan đến quy mô, tổng mức đầu tư dự án... sẽ tiếp tục được Bộ GTVT có ý kiến, giải trình làm rõ trong quá trình thẩm định của Hội đồng thẩm định Nhà nước (tại văn bản số 3762/BKHĐT-GSTĐĐT ngày 5/6/2019, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã báo cáo và đề xuất Thủ tướng Chính phủ xem xét thành lập Hội đồng thẩm định Nhà nước để thẩm định báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án) và thẩm tra của các cơ quan có liên quan trước khi trình Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư dự án.
