Cơ quan điều tra đề nghị truy tố 13 bị can. Trong đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công đã đề nghị truy tố bị can Ngô Võ Kế Thành (cựu Giám đốc Trung tâm R&D), Đinh Minh Hiệp (cựu Trưởng ban quản lý Khu nông nghiệp công nghệ cao Thành phố Hồ Chí Minh, cựu Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thành phố Hồ Chí Minh); Phạm Tấn Kiên (cựu Trưởng phòng quản lý Đầu tư và Doanh nghiệp Ban Quản lý Khu nông nghiệp công nghệ cao), Hoàng Minh Bá (Giám đốc Công ty T.S.T) cùng 5 đồng phạm về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Liên quan vụ án, bị can Trần Thị Bình Minh (cựu Phó Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh) và Phan Tất Thắng (cựu Phó Trưởng phòng kinh tế, Sở Kế hoạch và Đầu tư Thành phố Hồ Chí Minh) bị đề nghị truy tố về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Theo kết luận điều tra, Trung tâm R&D là đơn vị sự nghiệp nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ cao, trực thuộc Ban Quản lý Khu công nghệ cao Thành phố Hồ Chí Minh, do bị can Ngô Võ Kế Thành làm giám đốc. Ban quản lý Khu nông nghiệp công nghệ cao là đơn vị trực thuộc UBND Thành phố Hồ Chí Minh, do bị can Đinh Minh Hiệp làm Trưởng ban quản lý.
Trong Dự án Mems (do Trung tâm R&D là chủ đầu tư), bị can Hoàng Minh Bá đã tư vấn và thống nhất với bị can Ngô Võ Kế Thành các thiết bị cần mua sắm và thu thập giá đầu vào, lợi nhuận dự kiến. Sau khi dự án được Sở Kế hoạch và Đầu tư phê duyệt, ngày 27/3/2017, cựu Giám đốc Trung tâm R&D ký tờ trình phê duyệt kế hoạch lựa chọn nhà thầu dự án, dựa trên Chứng thư thẩm định giá lập trái pháp luật.
Theo hồ sơ điều tra, giữa năm 2016, bị can Hoàng Minh Bá (Giám đốc Công ty T.S.T) biết về dự án Nấm và nhờ Phạm Nguyễn Đức Hoàng (nhân viên Trung tâm Công nghệ sinh học Thành phố Hồ Chí Minh) kết nối để gặp bị can Đinh Minh Hiệp (thời điểm đang là Trưởng ban quản lý Khu nông nghiệp). Tại phòng làm việc của bị can Hiệp, bị can Bá đã đề nghị và được bị can Hiệp cho Công ty T.S.T tham gia cung cấp thiết bị cho dự án Nấm. Sau khi đồng ý, bị can Hiệp yêu cầu doanh nghiệp phải cung cấp thiết bị hiện đại và nhiều tiêu chí khác.
Theo kết luận điều tra, quá trình thực hiện đầu tư, bị can Bá căn cứ vào danh mục do bị can Hiệp dự thảo và gửi cho các hãng cung cấp thiết bị lên danh mục để hoàn chỉnh hồ sơ dự thầu với giá dự toán hơn 86 tỷ đồng. Bên cạnh đó, khi xây dựng danh mục trang thiết bị chi tiết, bị can Bá còn giới thiệu đơn vị tư vấn lập dự án gồm Công ty PVE Hà Nội và Công ty SIV làm đơn vị tư vấn thẩm định giá. Toàn bộ thủ tục để chỉ định thầu đều do cấp dưới soạn thảo để trình bị can Đinh Minh Hiệp ký.
Theo cơ quan điều tra, cựu Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Thành phố Hồ Chí Minh Đinh Minh Hiệp đã thỏa thuận, thống nhất với Hoàng Minh Bá để cho Công ty T.S.T tham gia dự án Nấm ngay từ giai đoạn chuẩn bị đầu tư. Sau đó, bị can Hiệp chỉ đạo cấp dưới hợp thức hóa danh mục thiết bị mua sắm với tổng trị giá hơn 86 tỷ đồng, qua đó tạo điều kiện cho Công ty T.S.T trúng thầu với các thông số hồ sơ đã được chuẩn hóa, hợp thức từ trước. Đấu thầu xong, bị can Đinh Minh Hiệp được Hoàng Minh Bá đưa 1 tỷ đồng vào các dịp Tết Nguyên đán năm 2019 và 2020.
Kết luận điều tra nhận định, bị can Đinh Minh Hiệp gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 33 tỷ đồng. Trong giai đoạn điều tra, bị can Đinh Minh Hiệp đã nộp khắc phục 400 triệu đồng. Còn bị can Hoàng Minh Bá nộp khắc phục 1,15 tỷ đồng.
