Theo các quyết định trên, Bộ Công Thương là cơ quan chủ trì điều phối, tổng hợp tình hình thực thi 3 Hiệp định của các Bộ, ngành, cơ quan có liên quan và báo cáo Thủ tướng Chính phủ; đồng thời là cơ quan chủ trì, điều phối chung việc xây dựng, tổng hợp đề xuất và tiếp nhận hỗ trợ kỹ thuật từ các đối tác nước ngoài trong quá trình thực hiện các Hiệp định.
Quyết định cũng nêu cụ thể Danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối để thực hiện các chương của từng Hiệp định; Danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối để tiếp nhận, trao đổi thông tin và đầu mối liên lạc; Danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối để phụ trách tham gia thảo luận các vấn đề mới nổi trong Hiệp định CPTPP; Danh sách chỉ định các cơ quan đầu mối tham gia các Ủy ban và các nhóm công tác của từng Hiệp định.
Theo đó, đối với Hiệp định thương mại tự do giữa Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Liên minh châu Âu (EVFTA), Bộ Công Thương là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung liên quan đến: phòng vệ thương mại, các rào cản phi thuế quan đối với thương mại và đầu tư trong sản xuất năng lượng tái tạo, chính sách cạnh tranh, doanh nghiệp thuộc sở hữu nhà nước, doanh nghiệp được cấp đặc quyền hoặc ưu đãi đặc biệt và doanh nghiệp độc quyền chỉ định, các điều khoản về thể chế, các điều khoản chung và các điều khoản cuối cùng... Bộ Tài chính là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung về hải quan và thuận lợi hóa thương mại, mua sắm của Chính phủ. Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung về hàng rào kỹ thuật đối với thương mại, sở hữu công nghiệp. Bộ Nông nghiệp và Môi trường là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung về đối xử quốc gia và mở cửa thị trường đối với hàng hóa nông sản, các biện pháp an toàn thực phẩm và kiểm dịch động thực vật...
Về Hiệp định Đối tác Toàn diện và Tiến bộ xuyên Thái Bình Dương (CPTPP), Bộ Công Thương được giao là đầu mối, chủ trì các nội dung liên quan đến: thương mại dịch vụ xuyên biên giới, chính sách cạnh tranh, hợp tác và nâng cao năng lực, nâng cao sức cạnh tranh và thuận lợi hóa hoạt động kinh doanh, phòng vệ thương mại, giải quyết tranh chấp... Bộ Tài chính là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung về thuế quan, hải quan và thuận lợi hóa thương mại, cung cấp thông tin, số liệu liên quan tới doanh nghiệp nhà nước... Bộ Nội vụ là cơ quan đầu mối, chủ trì nội dung về lao động.
Đối với Hiệp định thương mại tự do giữa Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Liên hiệp Vương quốc Anh và Bắc Ai-len (UKVFTA), Bộ Công Thương là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung liên quan đến: phòng vệ thương mại, các rào cản phi thuế quan đối với thương mại và đầu tư trong sản xuất năng lượng tái tạo, chính sách cạnh tranh, thương mại dịch vụ và thương mại điện tử, giải quyết tranh chấp... Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch là cơ quan đầu mối, chủ trì các nội dung liên quan đến quyền tác giả, quyền liên quan. Bộ Tư pháp là cơ quan chủ trì, đầu mối tổng hợp chung về minh bạch hóa...
