Cụ thể, hạn chế phổ biến của nhiều hội đồng trường đại học hiện nay là sự tham gia không thực chất của các thành viên, đặc biệt là người ngoài. Nhiều người không am hiểu về giáo dục đại học, văn hóa trường hoặc không có thời gian, tâm huyết đóng góp. Những người này chỉ để lấy tiếng và tham gia để đủ thành phần, thậm chí thường vắng mặt, không đưa ra ý kiến chiến lược. Trong khi đó, thành viên nội bộ ngại đưa ra ý kiến trái chiều vì sợ mất lòng lãnh đạo hoặc ảnh hưởng đến quyền lợi cá nhân.
Hạn chế nữa là việc chọn thành phần hội đồng trường theo cơ cấu tỉ lệ hơn là dựa vào năng lực và kinh nghiệm. Một số người được đưa vào hội đồng trường không phải vì họ có khả năng đóng góp cho sự phát triển của trường mà vì họ thuộc cơ quan chủ quản hoặc có quan hệ thân thiết với các lãnh đạo nhà trường. Chính điều này làm cho nhiều hội đồng trường mất đi tính thực quyền và tính độc lập, do các thành viên không đủ khả năng đưa ra các quyết định mang tính chiến lược cho sự phát triển của nhà trường. Thêm nữa, quyền hạn của hội đồng trường chưa thật rõ ràng.
Sau khi xem xét thông tin phản ánh, Phó Thủ tướng Chính phủ Lê Thành Long yêu cầu Bộ Giáo dục và Đào tạo rà soát, đánh giá việc thực hiện chủ trương của Đảng và quy định pháp luật về hội đồng trường của cơ sở giáo dục đại học; khẩn trương có biện pháp chấn chỉnh đối với các cơ sở giáo dục đại học chưa thực hiện nghiêm chủ trương của Đảng và quy định của pháp luật, để xảy ra tình trạng hội đồng trường tồn tại hình thức, hoạt động kém hiệu quả; kịp thời báo cáo và đề xuất, kiến nghị các cấp có thẩm quyền đối với những vấn đề mới phát sinh, vượt thẩm quyền hoặc cần thiết phải sửa đổi, bổ sung các quy định có liên quan.
