Theo kết luận thanh tra công tác quản lý, sử dụng nguồn kinh phí cho dự án đầu tư, thực hiện pháp luật về tiêu chuẩn, đo lường, chất lượng tại Bộ Khoa học và Công nghệ, đối với dự án Sâm Ngọc Linh, công tác lập thẩm tra dự án có nhiều sai sót như số liệu phản ánh còn chưa thống nhất (Cây giống trong dự án Sâm Ngọc Linh), chưa tính toán kỹ tính khả thi của dự án dẫn đến phải điều chính sửa đổi, bổ sung, ảnh hưởng đến tiến độ, hiệu quả đầu tư của dự án.
Việc xác định cây giống là thiết bị chưa phù hợp, dẫn đến dự án được duyệt thiếu chi phí cho hoạt động trồng và chăm sóc cây, gây khó khăn trong quá trình triển khai dự án. Bên cạnh đó, dự toán dự án lập cho nội dung chi phí quản lý dự án chưa tính toán kỹ đến đặc thù của dự án, dẫn đến không lập theo phương án xây dựng dự toán chi cụ thể mà xác định theo tỷ lệ, gây khó khăn khi thực hiện và phải xin điều chỉnh.
Trong công tác quản lý dự án Sâm Ngọc Linh, thời gian thực hiện dự án bị kéo dài; Ban Quản lý dự án có sự thay đổi về nhân sự nhiều lần, gây khó khăn trong quá trình quản lý dự án. Việc lựa chọn nhà thầu theo hình thức chỉ định thầu đối với dự án nêu trên chưa đúng quy định tại Khoản 1 Điều 55 Nghị định 63/2014/ NĐ - CP quy định chi tiết về thi hành một số điều luật đấu thầu, lựa chọn nhà thầu. Công tác lập hồ sơ mời thầu đối cũng chưa đảm bảo quy định pháp luật. Bên cạnh đó, nhà thầu không đảm bảo nhân sự thi công; tiến độ thi công, cung cấp lắp đặt thiết bị còn chậm so với hợp đồng ký kết.
Thanh tra Chính phủ kết luận, trách nhiệm về các thiếu sót, vi phạm trên thuộc về lãnh đạo Bộ Khoa học và Công nghệ được giao phụ trách thời kỳ 2013-2017; các đơn vị, cá nhân thuộc Bộ Khoa học và Công nghệ (Tổng cục Tiêu chuẩn, Đo lường và Chất lượng; Văn phòng Bộ; Vụ Kế hoạch-Tài chính; Thanh tra Bộ) giai đoạn 2013 - 2017.
Theo kết luận, số tiền sai phạm được phát hiện qua công tác thanh tra, kiểm toán là hơn 32 tỷ đồng, cụ thể, giai đoạn 2013 - 2017 là hơn 25,7 tỷ đồng (đã xử lý hơn 24,4 tỷ đồng, còn phải xử lý tiếp hơn 1,3 tỷ đồng).
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ cũng yêu cầu xử lý số tiền hơn 6,3 tỷ đồng (Trong đó, loại khỏi giá trị thanh toán, quyết toán công trình, dự án là hơn 5,6 tỷ đồng, xử lý khác là 680,797 triệu đồng).
Thanh tra Chính phủ yêu cầu chủ đầu tư dự án Sâm Ngọc Linh giải trình cụ thể từng khoản chi, căn cứ tình hình thực tiễn và quy định của pháp luật xử lý số tiền chi quản lý dự án tăng so với dự toán dự án được duyệt là trên 680 triệu đồng.
Đồng thời, yêu cầu Bộ Khoa học và Công nghệ xử lý số tiền sai phạm, mà kiểm toán nhà nước kiến nghị thực hiện qua kiểm toán tài chính, tài sản năm 2016 là hơn 1,3 tỷ đồng, chỉ đạo chủ đầu tư dự án được thanh tra xử lý số tiền hơn 66, 32 tỷ triệu đồng, loại khỏi giá trị thanh toán, quyết toán công trình, dự án là hơn 5,6 tỷ đồng.
Thanh tra Chính phủ còn yêu cầu Bộ Khoa học và Công nghệ và các chủ đầu tư dự án tổ chức kiểm điểm trách nhiệm nghiêm túc, đề xuất xử lý tập thể, cá nhân liên quan đến thiếu sót, vi phạm.
