Từ 70 cán bộ, chiến sĩ và hai tàu khi mới thành lập, đến nay Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 đã lớn mạnh không ngừng với 13 đầu mối trực thuộc và đội ngũ tàu hiện đại như: Tàu tuần tra cao tốc TT200, TT400; tàu cứu nạn CV - 3500; tàu Cảnh sát biển đa năng ĐN 2000; tàu Cảnh sát biển 8020; tàu trinh sát TS-500; xuồng tuần tra cao tốc MS-50S; xuồng tuần tra cao tốc Mê-Tal- Shark…
Thiếu tướng Lê Xuân Thanh, Tư lệnh Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 chia sẻ: "Trong xu thế vươn ra biển, làm chủ biển của các quốc gia, kể cả quốc gia không có biển, thì nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, quyền chủ quyền, quyền tài phán quốc gia được xem là nhiệm vụ chính trị trọng tâm đối với Bộ tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3".
Những năm qua, Bộ tư lệnh Vùng đã chủ động phối hợp với Quân khu 5, 7, 9; các Bộ Chỉ huy Quân sự và Bộ chỉ huy Bộ đội Biên phòng 9 tỉnh, thành; Vùng 2, 4 Hải quân và các địa phương trên địa bàn theo dõi, nắm chắc tình hình trên biển, kịp thời tham mưu đề ra những chủ trương, giải pháp, đối sách đấu tranh kịp thời, hiệu quả các tình huống trên biển trong bối cảnh tình hình mới với diễn biến phức tạp, khó lường.
Tiêu biểu trong hoạt động bảo vệ chủ quyền, lực lượng chức năng đã đấu tranh, xua đuổi các tàu nước ngoài vi phạm vùng biển Việt Nam, đấu tranh chống Trung Quốc hạ đặt giàn khoan Hải Dương 981 (năm 2014) và đưa các tàu thăm dò HD760 (năm 2017), HD08 và các tàu hộ tống bảo vệ (năm 2019) vào khảo sát thăm dò trên vùng biển thềm lục địa của Việt Nam.
Ngoài ra, đơn vị cũng đã tổ chức hàng ngàn lượt tàu thuyền làm nhiệm vụ tuần tra, kiểm tra, kiểm soát, thực thi pháp luật trên biển, bảo vệ chủ quyền biển, đảo, bảo vệ an toàn cho các hoạt động kinh tế biển.
Thiếu tướng Đỗ Hồng Đó, Chính ủy Bộ tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 chia sẻ: “Vinh dự và tự hào, sau 20 năm phấn đấu xây dựng, phát triển, trưởng thành Bộ Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3 đã được Đảng, Nhà nước tặng thưởng nhiều huân chương, bằng khen, cờ thi đua… Từ những kết quả đạt được, đơn vị tiếp tục cố gắng phát huy thế mạnh, lập những chiến công mới, đoàn kết hiệp đồng, giữ nghiêm pháp luật, quyết tâm xây dựng lực lượng Cảnh sát biển Việt Nam “Cách mạng, chính quy, tinh nhuệ, hiện đại xứng đáng là lực lượng nòng cốt trong nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, giữ gìn an ninh trật tự an toàn trên các vùng biển, đảo của Tổ quốc”.