Cụ thể, theo báo cáo của VEC về phương án thực hiện thu phí không dừng các tuyến các tốc, Bộ Giao thông Vận tải cho rằng dự án cao tốc Nội Bài - Lào Cai đưa vào khai thác năm 2014, thời gian thực hiện dự án kết thúc từ ngày 31/12/2017. Hiện dự án đang quyết toán công trình nên việc sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước còn dư để đầu tư dự án thu phí không dừng là chưa phù hợp với cơ cấu nguồn vốn. Hiện cũng chưa xác định được nguồn vốn ngân sách nhà nước còn dư của dự án và phải báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
Trước đây, Bộ Giao thông Vận tải đã giao VEC triển khai thủ tục nghiên cứu lập đề xuất đầu tư hệ thống thu phí không dừng trên tuyến cao tốc Nội Bài - Lào Cai theo hình thức PPP (hợp tác công tư) trên nguyên tắc vốn đầu tư được cân đối hoàn trả từng phần từ chi phí vận hành quản lý dự án, tuy nhiên, VEC chưa làm rõ được yêu cầu này. Đồng thời cho đến nay, trong trường hợp sử dụng vốn ngân sách nhà nước, Bộ Giao thông Vận tải đề nghị VEC xin ý kiến của Uỷ ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Đối với các tuyến cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và Bến Lức - Long Thành, Bộ Giao thông Vận tải đã yêu cầu VEC xác định nguốn vốn thay thế nguồn vốn JICA (Cơ quan hợp tác quốc tế Nhật Bản) cho hạng mục thu phí không dừng. Tuy nhiên, đến nay VEC chưa có báo cáo.
Để đảm bảo tiến độ đầu tư hệ thống thu phí tự động không dừng các tuyến cao tốc nêu trên theo Quyết định 1111/2018/QĐ- BGTVT của Bộ Giao thông Vận tải về lộ trình thực hiện thu phí tự động không dừng, Bộ Giao thông Vận tải yêu cầu VEC xây dựng phương án huy động các nguồn vốn hợp pháp để đầu tư hệ thống thu phí tự động không dừng các tuyến cao tốc nêu trên, báo cáo Uỷ ban quản lý vốn nhà nước và Bộ Giao thông Vận tải trong tháng 11/2018.
