Trong bản án phúc thẩm, Tòa án Quân sự Trung ương đã bác kháng cáo của Lê Văn Minh, Lê Xuân Thanh và 4 bị cáo khác với lý do các bị cáo không có tình tiết mới đủ để làm căn cứ xem xét giảm hình phạt tại phiên phúc thẩm.
Tòa tuyên bị cáo Lê Văn Minh y án 15 năm tù, bị cáo Lê Xuân Thanh 12 năm tù cùng về tội "Nhận hối lộ". Các bị cáo còn lại gồm: Nguyễn Thanh Lâm (cựu Hải đội trưởng 2 thuộc Bộ đội Biên phòng tỉnh Sóc Trăng) lĩnh 11 năm tù; Phạm Văn Trên (cựu Đại tá, cựu Chỉ huy trưởng Bộ đội Biên phòng Trà Vinh) 10 năm tù; Nguyễn Văn Hùng (cựu Đồn trưởng Biên phòng cảng Trường Long Hòa, tỉnh Trà Vinh) 16 năm tù; Nguyễn Văn An (em họ bị cáo Nguyễn Thế Anh) 15 năm tù.
Tòa chấp nhận một phần kháng cáo của bị cáo Nguyễn Thế Anh (cựu Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Kiên Giang); tuyên bị cáo này 20 năm tù về tội "Nhận hối lộ", 2 năm tù về tội "Tổ chức trốn đi nước ngoài trái phép". Tổng hợp hình phạt buộc bị cáo chấp hành 22 năm tù. Trước đó, bị cáo Nguyễn Thế Anh phải nhận tổng hình phạt sơ thẩm là chung thân.
Tòa phúc thẩm cũng chấp nhận một phần kháng cáo của các bị cáo Phạm Hồ Hải (cựu Trưởng đại diện Cảng vụ hàng hải Cần Thơ tại Duyên Hải, tỉnh Trà Vinh) và Lê Văn Phương (cựu Phó trưởng Phòng Cảnh sát giao thông Công an tỉnh Trà Vinh). Theo đó, bị cáo Hải được giảm từ 5 năm 6 tháng tù còn 4 năm tù; bị cáo Phương được giảm từ 3 năm 6 tháng tù còn 3 năm tù.
Sau khi xem xét các chứng cứ có trong hồ sơ và diễn biến phiên tòa, Hội đồng xét xử có đủ cơ sở xác định tòa sơ thẩm tuyên các bị cáo trên về tội Nhận hối lộ là có căn cứ, đúng pháp luật. Tòa sơ thẩm cũng đánh giá đúng tính chất, mức độ hành vi, các tình tiết tăng nặng giảm nhẹ trách nhiệm hình sự. Khi giải quyết vụ án, tòa sơ thẩm còn xem xét đến những cống hiến của các bị cáo và người thân trong gia đình. Tại tòa phúc thẩm, các bị cáo cung cấp thêm nhiều tài liệu, nhưng không đủ làm thay đổi đáng kể lý do để xin kháng cáo.
Đối với cựu Đại tá Nguyễn Thế Anh, tại Tòa phúc thẩm, bị cáo thay đổi kháng cáo, thừa nhận có tội nhưng không phải nhận hối lộ mà cho rằng là tội danh khác. Tại tòa, bị cáo Thế Anh khai báo thành khẩn về việc nhận của Phan Thanh Hữu từ tháng 3 đến tháng 8/2020 với 30.000 USD mỗi tháng, sau đó là 10.000 - 15.000 USD mỗi tháng. Nhưng với những chứng cứ đã có được, Hội đồng xét xử phúc thẩm xác định bị cáo Nguyễn Thế Anh đã nhận của Phan Thanh Hữu từ tháng 3/2020 với tổng số tiền là 30.000 USD mỗi tháng. Tổng cộng bị cáo Thế Anh nhận từ Hữu là 380.000 USD và 500 triệu đồng để bảo kê cho đường dây buôn lậu.
Sau khi Hữu bị bắt, bị cáo Thế Anh đưa tiền cho Nguyễn Văn An (em họ bị cáo Thế Anh) và tạo điều kiện cho An trốn sang Lào. Hành vi này là tổ chức cho người khác trốn đi nước ngoài trái phép. Quá trình xét xử phúc thẩm, Nguyễn Thế Anh nộp thêm tiền khắc phục hậu quả. Bị cáo cũng đã khai nhận rõ hành vi nên được hưởng thêm tình tiết giảm nhẹ trách nhiệm hình sự. Như vậy, Hội đồng xét xử có căn cứ chấp nhận một phần kháng cáo của bị cáo Thế Anh.
Đối với bị cáo Lê Văn Phương, Tòa phúc thẩm ghi nhận gia đình bị cáo nộp khắc phục thêm 150 triệu đồng. Tại tòa, bị cáo Phương khai báo thành khẩn, từ đó Hội đồng xét xử thấy có cơ sở giảm nhẹ trách nhiệm hình sự cho bị cáo. Tuy nhiên, căn cứ tính chất mức độ hành vi phạm tội, bị cáo Phương không đủ điều kiện được hưởng án treo.
Với bị cáo Phạm Hồ Hải, Tòa phúc thẩm ghi nhận bị cáo thành khẩn khai báo, nhận rõ trách nhiệm nên áp dụng thêm tình tiết giảm nhẹ.
