Hai trong số 38 bị cáo là Nguyễn Đăng Thuyết (sinh năm 1970, cựu Tổng Giám đốc Công ty Thành An) và Nguyễn Thị Hòa (sinh năm 1978, Giám sát kế toán thuế Công ty Thành An, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi) đang bỏ trốn và bị Cơ quan công an truy nã. Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội đã quyết định xét xử vắng mặt 2 bị cáo này về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 221, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.
Quá trình chuẩn bị đưa vụ án ra xét xử, Tòa án đã nhận được đơn của bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết gửi qua đường bưu điện. Để đảm bảo tranh tụng, Hội đồng xét xử đã công bố đơn này.
Trong đơn, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết giải trình rằng bản thân không có mặt ở Việt Nam do điều kiện khách quan nên không tham gia phiên tòa được. Do đó, bị cáo viết đơn này nhận trách nhiệm, xin xét xử vắng mặt và xin được hưởng khoan hồng. Bị cáo bày tỏ “tôn trọng kết quả điều tra của Cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát, bản án sau này và không khiếu nại các nội dung” vì đây là kết quả làm việc của các cơ quan tiến hành tố tụng.
Về nội dung vụ án, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết thừa nhận là giám đốc chủ sở hữu duy nhất 3 công ty gồm: Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thành An Hà Nội (Công ty Thành An), Công ty Trách nhiệm hữu hạn thiết bị y tế Danh (Công ty Danh), Công ty Trách nhiệm hữu hạn thiết bị y tế Tràng Thi (Công ty Tràng Thi). Bị cáo điều hành, chỉ đạo toàn bộ chiến lược, chính sách 3 công ty, được hưởng lợi từ kết quả kinh doanh và chịu trách nhiệm đối với mọi rủi ro, thiệt hại kể cả trách nhiệm pháp lý.
Trong đơn, bị cáo Thuyết khẳng định: “Trước Hội đồng xét xử, tôi xin nhận tất cả trách nhiệm về những vi phạm về kế toán xảy ra lại ba doanh nghiệp giai đoạn 2017-2022 như truy tố” và trình bày: “Hiện nay, do hoàn cảnh các con tôi đang học ở nước ngoài và tôi là người giám hộ duy nhất nên không kịp về nước. Tôi cam kết sẽ thu xếp về nước sớm nhất để thi hành án”. Đối với các đồng nghiệp, nhân viên tại 3 công ty, bị cáo Thuyết cho biết họ chỉ thực hiện theo sự phân công, không hiểu hết tính chất công việc họ được giao thực hiện. Họ cũng không được hưởng lợi mà chỉ được hưởng lương. Một số ít người được hưởng lợi phần nào nhưng không có mục đích trục lợi từ trước khi thực hiện các vi phạm.
Về hậu quả vụ án, Nguyễn Đăng Thuyết nói rằng các cơ quan tố tụng xác minh được 19.167 tờ hóa đơn cộng với tổng chênh lệch hóa đơn, doanh thu lợi nhuận thực tế là hơn 740 tỷ đồng. Cá nhân bị cáo chưa bao giờ thực hiện theo dõi, thống kê nhưng như đã trình bày ở trên thì bị cáo chấp nhận kết quả và cam kết sẽ cố gắng khắc phục tối đa các hậu quả.
Bên cạnh đó, bị cáo Thuyết cũng đề nghị Hội đồng xét xử xem xét toàn diện, thấu đáo vụ án trong đó chú ý những đóng góp vào sự phát triển y tế Việt Nam của toàn bộ nhân viên 3 doanh nghiệp. Bản thân gia đình bị cáo có nhiều đóng góp trong cuộc chiến tranh giữ nước, bố bị cáo, anh bị cáo đều tham gia chiến trường.
Trong phần xét hỏi, nhóm bị cáo ở các Công ty Danh, Thành An, Tràng Thi đều thừa nhận hành vi phạm tội và khai thực hiện theo sự chỉ đạo của bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết hoặc của quản lý cấp trên. Cụ thể, nhóm bị cáo này kê khai trên 2 hệ thống sổ sách kế toán gồm hệ thống sổ sách thực tế thu chi và hệ thống sử dụng để báo cáo thuế nhằm làm giảm doanh thu, giảm số thuế phải nộp. Đồng thời, các bị cáo còn thực hiện việc mua bán hóa đơn để kê khai khống chi phí đầu vào. Liên quan đến hành vi mua bán hóa đơn này, một loạt các bị cáo là chủ doanh nghiệp, chủ hộ kinh doanh bị xét xử về tội In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách nhà nước.
